1．標記物 用于電鏡觀察的標記物有三類：一類是電子密度致密的標記物，如鐵蛋白、辣根過氧化物酶等。另一類則是放射性同位素，如135I、35S、32P、14C、3H等，第三類則是有獨特形狀的標記物，如血蘭蛋白、噬菌體等。
對標記物的要求是：具有特定的形狀、不影響抗原抗體復合物的特性與形狀。目前用于免疫電鏡的標記物主要是鐵蛋白和HRP。兩者各有其優點，鐵蛋白電子密度致密。觀察時反差大，優于酶標記，但鐵蛋白分子量大(460 000)，穿透能力差，所以適于細胞表面抗原的定位，另外鐵蛋白的標記過程比較復雜。HRP分子量小(40 000)，穿透力強，有利于標記抗體進入細胞內，適于細胞內的抗原定位。
2．固定劑 固定是免疫電鏡較關鍵的一步，免疫電鏡中的固定與一般超薄切片中的固定的不同之點在于既考慮保存細胞的超微結構,又要考慮到抗原的失活性問題。
（1）固定劑的要求：①不損害細胞內抗原的活性；②固定速度快、效果好；③分子量小，易于滲透；④固定后,不引起交聯，造成空間的阻礙，影響標記抗體進入抗原位。
（2）影響固定的因素有：①采用固定劑的種類；②固定劑的濃度，濃度過大，對抗原的活性有影響，濃度過小，固定效果差；③固定劑的pH；④固定劑的溫度,一般采用2℃～4℃冷固定；這樣能降低細胞的自浴作用和水分的抽提；⑤固定時間與溫度有關，溫度高，固定快，也與緩沖系的離子強度有關，離子強度大，滲透壓大，穿透力強，固定要快。不同的固定劑，或同一固定劑的不同濃度所需的固定時間也不一致；⑥與被固定的細胞類型有關。
目前常用的固定系統有：4%聚甲醛，1.5%～2%戊二醛，1%多聚甲醛＋1%戊二醛，4%多聚甲醛＋0.5%苦味酸＋0.25%戊二醛，96%乙醇＋1%醋酸。不論采用哪些系統，使用前必須用已知效價的抗原做一系列預實驗。如固定劑的種類濃度、溫度、pH及固定時間等。然后做出預處理的效價，作為失活參考以再選擇最適條件。
3．非特異性吸附 非特異性吸附與酶標抗體、抗血清的稀釋度、染色時間，溫度及介質等有關，其中最主要的是抗血清及標記抗體的稀釋。一般認為高效價抗血清或標記抗體稀釋到低蛋白濃度，用于標記染色可獲得最理想的結果。因為低蛋白濃度有利于降低非特異性吸附。實際應用的蛋白濃度大致在0.50mg/ml～2mg/ml。工作效價一般在1︰20～1︰400,在實際工作中，將標記抗體或抗血清稀釋到1︰100倍以上則可獲得理想的陽性結果，而非特異性吸附必然降得很低。
工作濃度的選擇是將標記抗體或抗血清作1︰2、1︰4、1︰8……1︰256的稀釋，做已知陽性標本的標記染色觀察，取其陽性沉積物明顯，而非特異性吸附最低的一稀釋度做為工作濃度。
4．標記染色法 標記染色法分為直接染色法與間接染色法兩種。前者的特點是特異性較高,敏感性低，標記抗體只能用于檢測一種抗原。后者敏感性較強，一種標記抗體可用于多種抗原的檢測。缺點是特異性較差。