1、灰度

　　灰度（grey level）指圖像各種分顏色的深淺程度。比較高級的圖像分析儀可將灰度分成為256級，也有的只能將灰度分成64級，總之都是2n,24是26256是28。免疫細胞化學標本上反應產物的染色深淺即可用灰度來表示。能將一張標本上不同染色深度區分為幾十或更多的等級，這是人眼所不及的。因此，某些實驗的結果，如果用光學顯微鏡作一般的觀察，似乎實驗組與對照組無明顯差異，而用圖像灰度法經統計學分析，則可反映出顯著性差異，說明僅僅用顯微鏡觀察是不夠的，在某些情況下可能會辜負了制片過程中所花費的大量精力，而得不到應有的結果。

　　由于免疫反應產物在細胞內不一定是均勻分布的，在同一個細胞中就可產生各種灰度，這種情況如何進行比較？有兩類方法可供選用：一種是測每個細胞的平均灰度，近年較新型的圖像分析系統有此性能，而比較早期的或比較簡單的圖像分析系統就沒有這種性能，例如某一細胞在電視屏幕上占有120個像素，按灰度級進行測量后，也許120個像素中有十多種不同的灰度，分析儀可立即顯示其平均灰度。另一種方法是在反應產物不均勻的細胞中可用每一種灰度所占的百分率來表示，例如你要觀察1000個細胞，在這些細胞中各種灰度所占的百分率可測出，并作出曲線，或用其他統計學方法處理，來進行比較。

　　如果用彩色圖像分析儀，除了上述的灰度測量以外，還可以將不同的灰度編成不同的顏色，使圖像更鮮明美麗，而且便于測量。彩色有兩種情況：在屏幕上出現與標本一樣的顏色稱為真色（real color），如果將不同的灰度轉換成不同的顏色則稱為假色（pseudo color），應用假色的目的是增強對比度，來改善對細胞結構的視覺識別，同時可增強輪廓用來強調結構的細節　。例如，免疫細胞化學中常用的非標記抗體過氧化物酶—抗過氧化物酶法，最終反應產物呈棕色，假設在腦內某核團的許多細胞中，呈現出不同深度的棕色，深淺差別較大者顯示在屏幕上人眼還能區別，若差別小的則不易區別了，操作者可將灰度11～15用紅色顯示，灰度16～20用藍色顯示、灰度21～25用黃色顯示、灰度26～30用綠色顯示等。一般可呈現數十種顏色。也可以將灰度11～20用深紅色顯示、灰度21～30用淡紅色顯示、灰度31～40用藍色顯示等，由操作者隨心所欲加以編輯。這種圖像如拍攝下來，旁邊顯示出一條彩色帶，表明什么顏色代表什么范圍的灰度，如此可將一種顏色的免疫細胞化學標本轉換成多種彩色的，對比鮮明的照片。

　　有些圖像分析儀中帶有光密度計組件，光密度計能將掃描器視頻信號變換成對數等值，然后數值化，就能用絕對光密度單位來校正。因此，光密度計把被測物的積分光密度作為主要輸出，所謂積分光密度即各個單獨探測的像素密度分布的總和。因為容易得到被測物的面積，也就很容易求出平均密度。光密度在細胞化學反應的定量領域內極為有用。灰度是一種相對值，因為你可將標本上的灰度隨你編輯分為64級、也可將其分為128級或者256組，而光密度是絕對值。在文獻中光密度常用OD表示（optical density）。有的單位購置了圖像分析儀后才發現不能作光密度測量，但已無法再去掉換，所以在購買前必須詳細了解其性能，包括屏幕像素數、有無光密度計組件等。

2、長度

　　形狀不規則的線形組織結構，一般方法很難計算出其長度，如組織中的毛細血管，神經纖維、細胞超微結構中的各種膜性結構等，以往常用排列稀疏或密度集等詞描述，圖像分析儀則可測出各種圖像周界線的長度。例如：在活檢組織的子宮頸上皮細胞的電子顯微鏡照片上，測出在一定范圍的細胞膜長度為8128像素，橋粒長度為1229像素，計算出橋粒長度占細胞膜總長度的15%，wiernik等用此方法觀察到癌細胞的橋粒值遠小于正常細胞，提出這可能與癌細胞易于失去相互間的的細胞連接，從而形成轉移有關。用免疫細胞化學法顯示的神經纖維，在局部組織中可能出現縱橫交錯的復雜圖像，用圖像分析儀可獲得單位面積內神經纖維的總長度。又如去甲腎上腺素神經纖維呈串珠樣，如果測出一定范圍內神經纖維總長度及局部膨大數目，即可計算出串珠平均間隔距離，比較精確。

3、面積

　　無論是在光鏡或電鏡免疫細胞化學標本的觀察中，都要涉及有關標本中某些結構的面積問題。即使是極不規整的結構，用圖像分析法容易算出其面積。在一定的放大倍數下，每μm2中含多少像素可以測出，畫出待測結構的輪廓，在所勾畫的范圍內含多少像素是立即可顯示出來的，這樣，很快可算出面積的數值。例如免疫電鏡技術中的鐵蛋白法、膠體金法等，可用上述方法進行單位面積中反應產物顆粒的計數，可進行各種實驗條件的比較。

　　曾有人在肝臟切片上進行圖像分析，在一定范圍內所有細胞核的總面積顯示為51554像素，其中肝細胞核總面積為27431像素，可知肝細胞核占全部細胞核總面積的53%。