用流式細胞計分選特定的染色體，基本過程與細胞分選相似。不同的是，要用帶有熒光標記的DNA探針同特異染色體結合，使待分選的染色體帶上標記。在染色體分選中，使用的探針是同所感興趣染色體互補的寡聚核苷酸，這種探針也可同熒光染料偶聯。將結合有熒光染料的探針同染色體一起溫育，使探針同特異染色體雜交，形成穩定的雜交體，這樣染色體就被帶上了熒光標記，稀釋后送入流式細胞計的流室，然后與細胞分選過程一樣將特異的染色體分選出來。