1．根據樹齡套栽：幼齡果園尚未封行，可在行間栽培1～3年收獲的喜光藥材，如地黃、黃苓、黃芪、草紅光、遠志、菊花、牛膝、板藍根、草決明、白術、附子、柴胡等。
2．根據樹冠情況套栽：樹冠及樹葉較稠密的果樹，像桃、櫻桃、葡萄、柿子、杏等，可套栽細辛、半夏、天麻、靈芝、黃連、三七、天南星、魔芋、玉竹等喜陰濕環境的藥材；樹冠較稀疏的果樹，如蘋果、梨、山楂等，可套栽丹參、百合、天門冬等藥材。
3．根據果樹的物候期套栽：棗樹、柿子等發芽較晚的果樹，可套栽喜光但有夏眠習性的藥材，如貝母、元胡、石蒜等；果實成熟期在最熱月份來到之前就結束的果樹，如桃、杏、櫻桃等，可套栽喜熱怕踏的菌類藥材，如伏苓等。
2．根據樹冠情況套栽：樹冠及樹葉較稠密的果樹，像桃、櫻桃、葡萄、柿子、杏等，可套栽細辛、半夏、天麻、靈芝、黃連、三七、天南星、魔芋、玉竹等喜陰濕環境的藥材；樹冠較稀疏的果樹，如蘋果、梨、山楂等，可套栽丹參、百合、天門冬等藥材。
3．根據果樹的物候期套栽：棗樹、柿子等發芽較晚的果樹，可套栽喜光但有夏眠習性的藥材，如貝母、元胡、石蒜等；果實成熟期在最熱月份來到之前就結束的果樹，如桃、杏、櫻桃等，可套栽喜熱怕踏的菌類藥材，如伏苓等。