通常是指突變的發生率，表示每一生物體每一世代發生某一突變的頻率。自發突變主要發生在DNA復制的時候，像人這樣進行有性生殖的生物中，某一基因座位每個配子每個世代的自發突變率一般等于成熟精子（或卵）中帶有新發生突變（即不是祖先傳下來的）的精子（或卵）的比例。但如果從細胞水平上來說，性細胞群的自發突變率f（細胞群中突變細胞的比例）與每個細胞世代的自發突變率u（每個細胞世代所發生的突變的概率）這二個數值是不一樣的。u的量可以用u=f／g來表示，g表示“有效細胞世代數”，規定其嚴格推算是很困難的，大致等于“根據成熟精子（或卵）中突變型的數目來估計的這種突變在性細胞形成過程中最多發生在某個世代前的數值”。基因（／基因座位／配子或細胞）的每代自發突變率在大腸桿菌中一般為10-8-10-9，果蠅一般為10-5，家鼠為10-6，每一細胞世代（每次分裂）的自發突變率應將此數除以有效細胞世代數。射線誘發的突變則用每單位射線劑量的誘發突變率〔／基因座位／rad或R〕來表示。它的數值一般在大腸桿菌中是10-9-10-10，果蠅約為10-8，家鼠約為10-7。
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