生物體各部分之間，在形態學上有等價的關系時，把這個關系稱為同源。是比較形態學的最基本概念。異種生物在體制上顯示同一配置的構造中有某些共同點的器官，即使其機能和形態上有不同，也是等價的，應該看作是同源。這個認識是從圣希萊爾（E．Geoffroy Saint-Hilaire）等開始的，他把這個關系用相當于現在的相似的言詞去稱呼（The orie-des analogues）。把相似與同源區別開來的是歐文（Owen，1843）。不久，同源被認為是了解生物的系統發生、親緣關系的重要線索，因為同源器官被看作是來源于共同祖先的器官。同時，在同源的認定上被加上了來源于同一胚層的胚胎學事實，以后又加上了對具有同樣發生能力的胚區，在同樣造形影響作用下所生成的器官互為同源的實驗形態學的標準。但是，與此相反，同種器官來源于異種動物的不同胚層的，也屢見不鮮。因而有人提倡同源應該回到純粹的比較解剖學的定義上去（A．Remane．1956）。為了區別上述純形態學的、進化的、實驗形態學的三種同源，有的稱為形式同源、歷史同源、成因同源。而且，“同源”一詞，在比較同一個體的各部分時也逐慚被引用。這種同源稱為一般同源，以與上述特殊同源相區別。而一般同源被不同學者作種種分類，如格金鮑爾（K．Gegenbaur）把它分成（1）左右對稱器官間的同源（同型，例如脊椎動物的左前肢與右前肢）。（2）沿體軸方向排列的部分間的同源（同價，例如脊椎動物的前肢和后肢）。（3）同一器官的部分間的同源（同規，例如脊椎動物前肢指間的同源）。（4）排列在體軸以外的方向的部分間的同源（同義，例如脊椎動物的上腕骨與前腕骨）。并且同源的概念由上述以器官為主的關系擴展到染色體組（相同染色體組）、染色體（同源染色體）和各種生物化學物質（生化的同源）等等。
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