對生物的分類叫做系統學（systematics）或分類學（taxonomy），這種分類應該反映不同生物體間的進化樹關系（evolutionary tree）。分類學把生物劃分為不同的群，而系統學試圖尋找生物之間的關系。占主導地位的分類法是林奈氏分類系統（Linnaean），它包括一個屬名和種加詞。關于如何為生物命名的原則有很多國際協議，例如《國際植物命名法規》（International Code of Botanical Nomenclature，簡稱ICBN）、《國際動物命名法規》（International Code of Zoological Nomenclature，簡稱ICZN）以及《國際細菌命名法規》（International Code of Nomenclature of Bacteria，簡稱ICNB）。第四版的生物命名法規（BioCode）草案在1997年出版，它試圖在三個領域標準化命名，但現在還沒有被正式采納。《國際病毒命名和分類法規》（International Code of Virus Classification and Nomenclature，簡稱ICVCN）是不屬于生物命名法規的。
傳統上，生物被劃分為五界，它是由Sahn等于1949年提出的：原核生物界、原生生物界、真菌界、植物界、動物界 。