一種具有運動功能的細胞小器官，見于原生動物的鞭毛蟲類、某些細菌、藻類和真菌的游動孢子和配子、后生動物的精子以及所謂構成鞭毛上皮的細胞。它是由埋藏在細胞表層的基粒和由此伸出的鞭毛纖維構成。與纖毛無本質上的差別，一般是把長而少的稱為鞭毛。結構最簡單的鞭毛可在大腸桿菌等周毛細菌群中見到，纖維是由單一的鞭毛蛋白聚合成一層直徑15-20納米的螺旋管構成，其基部通過稱為“鉤”（hook）的管狀結構與基粒相結合。由于細菌種類的不同，有的纖維由2種以上鞭毛蛋白組成，有的由多層蛋白質聚合體組成，還有的在纖維的外側覆蓋一層蛋白質鞘。

　　真核生物的鞭毛，由9組小管（亦稱軸絲）排列成圓形，這些小管的橫切面為圓形和馬蹄型相連接著，在中央通過2條小管，它們都埋在蛋白質的基質中，再由一薄層原生質覆蓋。由這種基部結構的無分枝纖維所形成的鞭毛稱為尾型，大部分真核生物的鞭毛均屬此型。在二叉分枝菌類可見有羽型鞭毛，它是沿細胞生出的纖維左右兩側或一側又生出細纖維狀的須作分校排列的鞭毛。鞭毛的這兩種類型在鞭毛型生活相上構成了多態性的兩個方面可看作是系統發育中的最原始的性狀，鞭毛的這種類型和它在細胞上附著點的位置，常用于生物尤其是植物各門的劃分。鞭毛在其生物體的移動、捕食以及暫時附著于其他物體等方面具有作用，有時也有感覺器官的作用。