亦稱模式菌株。在給某細菌定名，分類作記載和發表時，為了使定名準確和作為分類概念的準則，以純粹活菌（可繁殖）狀態所保存的菌種。相當于動植物分類中的模式標本。在進行細菌等的分類和鑒定時，生理學和生物化學特性十分重要，但若就這些性質進行試驗，就必須應用許多純分離的新細胞。因此，作為分類標準的菌種，也有必要進行純粹分離，并以活菌（可以分裂）狀態保存。在標準菌種中，對于從作過原始記載的作者實際分離或應用的菌株，通過營養繁殖獲得和保存的菌株，稱為正標準菌株。此外，當原作者使用復數菌株，以后的研究者選擇其中之一作為最適當的菌株時，稱該菌種為選定標準菌株。當原作者使用的菌株失掉，以后的研究者就新的菌株研究，記載后，確認可以作為國際上正標準菌株的代替菌株時，稱該菌株為新模式菌株。保存菌種時，必須留心不使菌株在保存過程中死亡或發生變異。目前最常用的保存方法是凍結干燥法。模式菌株應由適當的菌種保存機構保存。
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