生物的分類是根據生物對象的異同點為基礎而進行的，因此分類學家重視采用形態比較的分類法常有內在的變動性。這就意味著分類常具有鑒定上的一面。在動植物方面以系統發生為基礎的分類法早已確立，同時在以DNA分子堿基對相同性為指標的鑒定也支持了這種分類的正確性。細菌和病毒的分類可根據DNA堿基對的相同性進行某種程度的分類，可是統一在系統發生的分類是不可能的。所以病毒的分類就不是以系統發生階段為基礎而是有各種分類系統。在1950年以前，對病毒除病原性以外的其他情況還不太了解，所以只能以引起發病的寄主為基礎來進行分類，一般是采用了動物病毒、植物病毒和昆蟲病毒等的癥狀學的分類法．鮑登（F．C．Bowden）于1941年提議應以質粒的性狀為基礎來進行病毒的分類。安德魯斯（C．H．Andrews）等采納了這個提議，在病毒之前加上適當的接頭詞，而將之分為粘病毒、痘病毒、皰疹病毒等類群．但與此同時流行病學家又以感染的傳播途徑為基礎而分為呼吸道病毒、消化道病毒、節肢動物介體病毒等類群．因為這種分類法在流行病學上有實用價值，所以沿用至現在．現在分類體系的基礎是羅弗（A．Lwoff）等在1957年創建的．羅弗的動物病毒分類是建立在寄主和病毒質粒的各種性狀上。1966年在莫斯科召開的第九屆國際微生物學會上，國際病毒命名法委員會（ICNV，現稱ICPV）決定的：（1）將來采用雙名法；（2）不承認命名的優先權；（3）不使用人名；（4）命名拼寫采用新縮寫法（sigla）．確定不使用復合名詞的方針，從而否定了羅弗所主張的以寄主為基礎的分類法，而是采用以病毒粒子的物理化學性質為基礎的分類法。但也有人批評這個委員會的命名法忽視了“方便的習慣用語”，后幾經修正才發展到今天。無脊椎動物病毒一般是指以無脊椎動物為主要寄主的病毒，但也有能在脊椎動物和植物體內增殖的病毒。另外在以無脊椎動物為寄主的病毒中，也有在形態等方面與脊椎動物病毒極其相似的（例如昆蟲痘病毒），所以在這方面是很難把它嚴格地區分開來。在病毒的分類方法中，有貝爾戈爾德（G．H．Belgold）等于1960年提出的根據有無包涵體以及其所在部位等為指標的分類法；有P．Wildy于1971年提出的與脊椎動物分類法極為相近的病毒分類法；也有川瀨茂實等于1972年提出的加入表示核酸等的分類法，此外還有其他一些分類法等。除昆蟲以外的無脊椎動物病毒由于寄主的多樣性，還有許多沒有充分地研究，至今還無定論的。植物病毒的分類由ICNV（現在稱為ICPV）的植物病毒分會提出以下四項為指標分類試行方案：（1）在植物寄主內的動態；（2）病毒質粒的性狀；（3）病毒質粒的成份；（4）與傳播媒介的關系。此外還有霉菌類的青霉病毒（Penicillium virus）等的真菌噬菌體（My cophage）、曲霉病毒（Aspergillus virus）等．關于細菌噬菌體方面，在同一植物病毒分科會上提出各以核酸、形態為指標的兩種方案，但也有人認為這樣的分類法在生物學上并無多大意義。1966年在莫斯科召開的第九次國際微生物學會國際病毒命名委員會（ICPV）發起，以病毒粒子的理化性狀作為分類的依據。病毒的分類參照前面的附表。