脊椎動物的部分卵裂的胚胎和哺乳類的胚胎，隨著胚體境界溝從胚外區縊縮，前腸與后腸完成下壁而形成管狀，這個管狀部向內的開口稱為腸門，且分別稱為前腸門、后腸門。兩腸門間開始時不形成下壁，前后成溝狀稱腸溝（intestinal groove），以后下壁漸漸地形成，腸管只在中腸部分以細的卵黃囊柄與卵黃囊相連。