亦稱同型接合體。就所研究的若干基因而言，其具有相對關系的全部基因在機能和位點上都相同的接合體稱為純合子。一對相對基因有AA和aa兩種基因型的個體，二對相對基因則有AABB，AAbb，aaBB，aabb四種基因型的個體。這種狀態稱為同型。原則上純合子不會由于自交而分離出具有不同遺傳因子的個體，因而可以用這種方法加以確定。全部基因都是同型的個體為純系，通過反復自交或同系交配進行選擇，可以得到純合子。