為許多主物都具有的主物化學反應，例如能量代謝及氨基酸、蛋白質、核酸的合成等，均稱為初級代謝（primary metabolism）。與此不同，只在一定范圍內主物的特異的代謝，則為次級代謝。在次級代謝的產物中，對維持生命占有重要地位的并不少，但另一方面，各種動植物和微生物所大量積累的生物堿、類萜（ferpenoid）、酚類、抗菌物質、色素等，其生理意義并不完全清楚。次級代謝產物許多是在胚胎發育的特定時期以及其他特定組織中產生的，所以產物在經濟效益上以及對生物體性狀表現的調節在研究上都被看成是重要的。
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