亦稱二級菌絲、雙核菌絲、復(fù)相菌絲。它是擔(dān)子菌中由相應(yīng)的異性的初生菌絲進(jìn)行體細(xì)胞接合而形成的菌絲。其具有分枝狀者稱為次生菌絲體。菌絲細(xì)胞為單倍（n）單核的初級菌絲經(jīng)體細(xì)胞接合后，很容易發(fā)生核結(jié)合。這樣來自雙親的核各自獨(dú)立成對地在一個(gè)細(xì)胞內(nèi)，隨著菌絲的伸長，同時(shí)進(jìn)行雙核分裂（conjuga-te division），維持雙核體（n n）狀態(tài)。這種核狀態(tài)，稱為復(fù)相核。雙核分裂時(shí)多半呈鋦形的形式進(jìn)行。次生菌絲首先是起營養(yǎng)菌絲作用，然后才形成子實(shí)體。在形成的擔(dān)子器內(nèi)進(jìn)行核融合而成為二倍體（2n）。在子囊菌中一般是次生菌絲不發(fā)育。產(chǎn)囊孢產(chǎn)生的產(chǎn)囊菌絲相當(dāng)于次生菌絲。