由于堿基置換，與某一氨基酸相對應的密碼子變成其他氨基酸的密碼子，其結果使合成的蛋白質的活性發生變化或失去活性，這樣的突變稱為錯義突變。因突變而引起的氨基酸置換，對于蛋白質中的任何氨基酸都能引起，偶而在有關蛋白質活性的氨基酸上發生置換時，蛋白質的活性會降低或消失，因而可作為突變體被檢出。由錯義突變所產生的沒有活性的蛋白質，在抗原方面與正常蛋白質顯示相同性質，能被作為交叉反應物質（CRM）檢出。