（1）是產生大孢子的囊狀生殖器官。卷柏屬的大孢子囊是由大孢子葉基部內側包有雙層的壁細胞的表皮細胞產生的，其中有4個大孢子。在水生蕨類，是由大孢子囊果中的包有一層壁細胞形成的孢子囊，其中生有32個大孢子，除其中一個以外，其他已全部退化。退化的孢子與沿著壁細胞形成一層氈絨層的細胞質，液泡化后成為大孢子的周壁；（2）種子植物，特別是裸子植物的胚珠，由于保留有與蕨類大孢子相同的胚囊細胞，所以亦稱為大孢子囊。