利用EST作為標(biāo)記所構(gòu)建的分子遺傳圖譜被稱為轉(zhuǎn)錄圖譜。通過從cDNA文庫中隨機條區(qū)的克隆進(jìn)行測序所獲得的部分 cDNA的5＇或3＇端序列稱為表達(dá)序列標(biāo)簽(EST)，一般長300～500bp左右。一般說，mRNA的3＇ 端非翻譯區(qū)(3＇-UTR)是代表每個基因的比較特異的序列，將對應(yīng)于3＇-UTR的EST序列進(jìn)行RH定位，即可構(gòu)成由基因組成的STS圖。截止到1998年12月底，在美國國家生物技術(shù)信息中心(NCBI)數(shù)據(jù)庫中分布的植物EST的數(shù)目總和已達(dá)幾萬條，所測定的人基因組的EST達(dá)180萬條以上。這些EST　不僅為基因組遺傳圖譜的構(gòu)建提供了大量的分子標(biāo)記，而且來自不同組織和器官的EST也為基因的功能研究提供了有價值的信息。此外，EST計劃還為基因的鑒定提供了候選基因(cand　idantes)。其不足之處在于通過隨機測序有時難以獲得那些低豐度表達(dá)的基因和那些在特殊環(huán)境條件下(如生物脅迫和非生物脅迫)誘導(dǎo)表達(dá)的基因。因此，為了彌補EST計劃的不足，必須開展基因組測序。通過分析基因組序列能夠獲得基因組結(jié)構(gòu)的完整信息，如基因在染色體上的排列順序，基因間的間隔區(qū)結(jié)構(gòu)，啟動子的結(jié)構(gòu)以及內(nèi)含子的分布等。