在基因組進化過程中，轉座因子在許多方面起作用。最明顯的效應是轉座子能夠啟動重組，最后導致基因組重排。這種作用與這些轉座因子的轉座活性無關，而只是由于染色體上有某一轉座因子的幾份拷貝，于是在同一染色體或不同染色體上有著相同轉座因子序列的部位之間發生重組。重組的結果可能會缺失若干個有重要功能的基因而出現有害效應，但有時確實也有產生了有利效應的重組。反轉錄轉座因子的轉座作用可以引起非編碼序列DNA的重排，當基因組的一段DNA序列在RNA聚合酶的作用下產生其RNA拷貝，然后在反轉錄酶催化下，以這個RNA為模板合成DNA拷貝，然后插入基因組的其他部位，由此既增加了基因組的大小，又增加了重復序列。
重復序列L1是一種反轉錄轉座子，除了它本身可在哺乳動物基因組上從一個位置移到另一位置外，L1還可能通過“通讀”(readthrough)機制將其3，端的非L1序列轉錄成RNA，再反轉錄成DNA拷貝，而后連同L1一起轉座到基因組的新的位置，這樣使基因組上原先不連鎖的兩個DNA片段連接在一起。這一過程被稱為3’端轉導作用(3'—transduction)，其結果除了擴大基因組的大小，生成新的重復序列外，還有可能由此而形成新的基因，果蠅的一個基因(jingwei)就是乙醇脫氫酶基因的DNA插入了另一個無關的DNA序列中形成的。從近期效應看，轉座因子如插入基因編碼序列中通常會引起基因失活，因此轉座作用對細胞的生存多半是有害的，所以轉座因子通常是被甲基化的，使其所含的轉座酶基因的轉錄受抑而不發生轉座行為。可是，從進化的角度看，轉座因子的轉座作用對于基因組的進化則有潛在的有利效應。