插入序列(insertion sequence，IS)是最簡單的轉座元件，因為最初是從細菌的乳糖操縱子中發現了一段自發的插入序列，阻止了被插入的基因的轉錄，所以稱為插入序列(IS)。
IS是細菌染色體和質粒的正常組成成分。標準的大腸桿菌含有任何一種常見的IS，每一種都有不到10份拷貝。當描述插入特定位置的IS如插入入噬菌體時，可以記為λ：：IS。IS都能編碼自身轉座所需的酶。不同的IS的序列各不相同，但兩端都有短的反向重復序列(1R)，這兩份重復序列通常十分相似但并不完全相同。在插入的靶位點上都會生成短的正向重復序列(DR)。
IS的遺傳學特性可以歸納如下：①能編碼轉座酶，自主進行轉座。轉座酶的編碼起始點位于一端的反向重復序列內。終止點則正好位于另一端的反向重復序列之前或中間。②插入位點一般是隨機的，很少是位點專一的。③插入后使宿主染色體的插入位置上產生短的正向重復序列。④轉座是罕見事件，與自發突變率處于同一數量級，約為每代10-6一10-7。⑤插入片段精確切離后，可使IS誘發的突變回復為野生型，但這種概率很低，每代只有10-6一10-10。⑥不精確切離可使插入位置附近的宿主基因發生缺失。