真核基因組的特點之一就是存在多基因家族（multi gene family）。多基因家族是指由某一祖先基因經過重復和變異所產生的一組基因。多基因家族大致可分為兩類：一類是基因家族成簇地分布在某一條染色體上，它們可同時發揮作用，合成某些蛋白質，如組蛋白基因家族就成簇地集中在第7號染色體長臂3區2帶到3區6帶區域內；另一類是一個基因家族的不同成員成簇地分布不同染色體上，這些不同成員編碼一組功能上緊密相關的蛋白質，如珠蛋白基因家族。在多基因家族中，某些成員并不產生有功能的基因產物，這些基因稱為假基因（pseudo gene）。假基因與有功能的基因同源，原來可能也是有功能的基因，但由于缺失，倒位或點突變等，使這一基因失去活性，成為無功能基因。與相應的正常基因相比，假基因往往缺少正常基因的內含子，兩側有順向重復序列。人們推測，假基因的來源之一，可能是基因經過轉錄后生成的RNA前體通過剪接失去內含子形成mRNA，如果mRNA經反復轉錄產生cDNA，再整合到染色體DNA中去，便有可能成為假基因，因此該假基因是沒有內含子的，在這個過程中，可能同時會發生缺失，倒位或點突變等變化，從而使假基因不能表達。