多孔動物的身體由內外兩層細胞構成，沒有嚴密的組織分化，只是細胞間呈現出形態和機能的差別。外層細胞稱皮層，細胞扁平多角形，有保護作用。在小孔周圍有能收縮的細胞，可調節水量。有的種類有帶小孔的孔細胞（porocyte），水可自此流入體內。內層細胞稱胃層，有些種類由領細胞（choanocyte）構成，此種細胞橢圓形，具一鞭毛，鞭毛基部有一原生質的領，領為一圈微毛組成，領細胞可攝食。但是多數多孔動物的胃層是由扁平細胞構成，而領細胞只分布在鞭毛室的四壁。皮層和胃層細胞間為一層薄厚不等的非細胞結構，稱中膠。中膠內散布有各種機能不同的細胞，有的可分泌形成骨針（spicule），以支持身體。骨針為多孔動物所特有，其成分為鈣質、硅質、角質等，形狀有單軸、三軸、四軸、六放，雙盤等；還有一種角質纖維狀的海綿絲（spongin）。

　　多孔動物從皮層到胃層間貫穿著一系列管道，是水進出的通道，稱為水溝系，是多孔動物所特有的結構。多孔動物一端固著外物，游離端有一較大的孔，為水的出口，稱出水孔。水經體表的入水孔進入，經過組成水溝系的一系列管道，最后到達體中央的中央腔，再由出水孔排出體外。水流經過水溝系時，領細胞即可攝取食物，吞入細胞內，進行細胞內消化，這屬于低等的消化方式。水流經過水溝系也就完成了呼吸和排泄。有人統計，高7厘米，直徑1厘米的一個白枝海綿，24小時有22.5公升海水通過，因此保證了食物和氧的供給和代謝產物的排除。這對多孔動物的生命活動有重大意義。

　　多孔動物的無性生殖為出芽，即身體的任何部分都可形成芽體，由于芽體增多，形成龐大的群體。淡水里生活的淡水海綿體內可產生芽球（gemmule）。當冬季來臨，海綿死亡，芽球沉入水底，待次年春季可發育成一新個體，這是對不良環境的一種適應性。多孔動物一般為雌雄同體，但都異體受精，精子和卵在中膠內形成，精子隨水排出，進入另一海綿體內與卵結合。受精卵經卵裂，最后形成一半具鞭毛的小細胞；另一半為無鞭毛的大細胞的幼蟲，稱兩囊幼蟲（amphiblastula），通過溝系排出體外。具鞭毛細胞的一端內陷形成了內層，另一端的大細胞形成外層，后固著，發育為成體。這種動物極帶鞭毛的小細胞形成胃層，而植物極不帶鞭毛的大細胞形成皮層的逆轉現象（inversion），是其他動物所沒有的。多孔動物的結構特殊，與其他的多細胞動物幾乎無親緣關系，故稱為側生動物（Parazoa）。

　　5000多種海綿中，依其骨針的成分和形式可分為3類。骨針為鈣質，形式為單軸、三軸、四軸等，稱為鈣質海綿（Calcarea），全海產，約100種，如毛壺（Grantia）。骨針為硅質，均為三軸、六放形式，分布于深海，稱六放海綿（Hexactinellida），如偕老同穴（Eu-plectella），我國南海有分布，其體內有1對儷蝦（Spongi-colarenusta），終生生活在一起而得名。骨針為硅質，單軸、四軸形，但無六放形式，或具海綿絲，或骨針海綿絲二者都有，稱尋常海綿（Demospongiae），淡水海水中均有分布。淡水中如針海綿（Spongilla）；海產的如磯海綿（Reniera）、浴海綿（Euspongia）等。