動物早期胚胎發育的一個重要階段。囊胚細胞通過細胞遷移、分化，形成具有2～3個原始胚層及原始消化道（原腸）的原腸胚。原腸形成的過程復雜，除了繼續增加細胞數量外，更重要的是細胞進行各種各樣移動（和細胞內的微絲、微管有密切關系），使囊胚表面的細胞向囊胚腔內侵入，經過細胞重新安排，形成多層結構的胚胎。留在外面的細胞為外胚層，進入內部的細胞形成內胚層，兩個胚層之間的細胞構成中胚層（見“胚層”條）。這種細胞遷移運動是胚胎發生過程中最重要的形態形成運動。細胞移動進入胚內的方式及位置在不同類動物存在著差異。盤狀囊胚的原腸形成僅在胚盤內進行。哺乳類胚胎的原腸形成和雞胚近似。實驗胚胎學家采用活體染色法（中性紅、尼耳藍、詹納斯綠或俾士麥棕等）對囊胚或早期原腸胚的不同部分著色，這些染料對胚胎沒有毒性，而且染色可以保存數天，這既可追蹤囊胚細胞在原腸形成過程中細胞移動的方式，又能追蹤細胞的去向，由此繪制出囊胚表面未來器官分布的圖譜。近年來，用同位素標記更為準確。這些結果有助于了解原腸形成過程中復雜形態的形成運動，以及胚層、組織器官的來源。在原腸形成過程中，細胞分裂速度逐漸減慢，開始合成新的各種類型的RNA和專一性的蛋白質。