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λ噬菌體DNA提取

放大字體  縮小字體 發(fā)布日期:2006-06-28
λ噬菌體是最早使用的克隆載體,λ噬菌體的基因組是一長(zhǎng)度約為50kb的雙鏈DNA分子,它在宿主細(xì)胞有兩種生活途徑,其一是裂解生長(zhǎng),環(huán)狀DNA分子在細(xì)胞內(nèi)多次復(fù)制,合成大量噬菌體基因產(chǎn)物,裝配成噬菌體顆粒,裂解宿主菌再進(jìn)行下一次感染;其二是溶源性生長(zhǎng),即感染細(xì)胞內(nèi)λ噬菌體DNA整合到宿主菌染色體DNA中與之一起復(fù)制,并遺傳給子代細(xì)胞,宿主細(xì)胞不裂解。平板培養(yǎng)時(shí),裂解生長(zhǎng)形成噬斑。液體培養(yǎng)時(shí),裂解生長(zhǎng)使菌液中宿主菌最后全部被裂解而釋放出大量的噬菌體顆粒。經(jīng)過(guò)改造的λ噬菌體克隆位點(diǎn)可插入幾到幾十kb的外源DNA。許多cDNA和基因組文庫(kù)是以λ噬菌體作為克隆載體構(gòu)建的。因此,在經(jīng)文庫(kù)篩選得到目的克隆后,我們常常需要利用λ噬菌體裂解生長(zhǎng)的特點(diǎn),培養(yǎng)獲得大量的噬菌體顆粒,并提取λ噬菌體DNA來(lái)開(kāi)展進(jìn)一步的工作。
一、試劑準(zhǔn)備
1. LB液體培養(yǎng)基:胰化蛋白胨(細(xì)菌培養(yǎng)用)10g,酵母提取物(細(xì)菌培養(yǎng)用)5g,NaCl 10g,加ddH2O 至1000ml,完全溶解,分裝小瓶,15lbf/in2高壓滅菌20min。
2. 1.5%瓊脂LB固體培養(yǎng)基: 稱(chēng)取1.5g瓊脂粉放入300ml錐形瓶,加100mlLB,15 lbf/in2 高壓滅菌20min,稍冷卻,制備平皿。
3. 20%麥芽糖:麥芽糖20g,加ddH2O 至100ml,0.22μm濾膜過(guò)濾。
4. SM液:NaCl 5.8g,MgSO4·7H2O 2g,1M Tris·CL(PH7.5)50ml,2%明膠 5ml,加ddH2O 至1000ml。15lbf/in2高壓滅菌20min。
5. RNase A 10mg/ml,TE配制,沸水浴15min,分裝后貯存于-20℃。
6.DNase I 10mg/ml,TE配制,分裝后貯存于-20℃。
7. PEG 8000
8. 10%SDS
9.EDTA: 0.5M pH8.0
3.苯酚/氯仿/異戊醇(25:24:1)
4.異丙醇
5.無(wú)水乙醇、70%乙醇
二、操作步驟
1.λ噬菌體平板培養(yǎng)
⑴ 用SM液10倍梯度稀釋λ噬菌體原種。
⑵ 取0.1ml各梯度稀釋離心到一消毒微量離心管中,加0.2ml新鮮培養(yǎng)的宿主菌,加麥芽糖(0.2%),MgSO4(10mm),37℃溫育20min,使噬菌體顆粒吸附于細(xì)菌。
⑶ 取熔化(47℃)0.7%瓊脂LB固體培養(yǎng)基3ml與上述管混勻,立即倒入預(yù)備(2-4天)的含凝固1.5%瓊脂LB固體培養(yǎng)基的平板內(nèi),輕輕晃動(dòng)平板使均勻分布。
⑷ 37℃培養(yǎng)6-8hr后,觀察噬斑形成。
⑸ 用剪去部分頭部的吸頭挖取單個(gè)噬斑到0.5ml的SM液中,加0.05ml氯仿,震蕩。37℃溫育10min。
⑹ 重復(fù)⑴-⑷,獲得單個(gè)噬斑滴度。
2. λ噬菌體液體培養(yǎng)
⑴ 取2ml新鮮培養(yǎng)的宿主菌,離心,0.4ml LB培養(yǎng)基重懸,加λ噬菌體0.1ml(新鮮獲得的單個(gè)噬斑,依滴度使之與宿主菌比約1/500-1000)。
⑵ 加麥芽糖(0.2%),MgSO4(10mM),37℃溫育20min,使噬菌體顆粒吸附于細(xì)菌。
⑶ 加到100ml LB液體培養(yǎng)基中,加麥芽糖(0.2%),MgSO4(10mM),37℃搖震培養(yǎng)9-12hr后可見(jiàn)裂解發(fā)生。
⑷ 加0.1ml氯仿,37℃繼續(xù)搖震培養(yǎng)10-20min。
(二)λ噬菌體DNA提取
1.將上述裂解液轉(zhuǎn)移至離心管,離心8000g×10min,去細(xì)菌碎片,取上清液。
2.加RNase A、DNaseI 至1μg/ml, 37℃溫育30min。
3.加9.3g PEG 8000,5.8g NaCl,搖勻至溶解,冰浴1hr或4℃過(guò)夜。
4.4℃離心10000g×20min,去上清液。
5.加2ml SM液,充分洗溶管壁及沉淀,移到新微量離心管,加20μl 10%SDS,20μl 0.5M EDTA,68℃15min。
6.加等體積苯酚/氯仿/異戊醇(25:24:1),混勻,離心12000g×5min,取上層液到一新微量離心管,加等體積氯仿/異戊醇(24:1),混勻,離心12000g×5min。
7.取上層液到一新微量離心管,加等體積異丙醇,混勻,-20℃1hr,4℃離心12000g×10min,去上清液。
8.1ml預(yù)冷的70%乙醇洗滌沉淀1-2次,4℃離心8000g×7min,棄上清,將沉淀室溫下晾干。
9.沉淀溶于20μl TE,-20℃保存?zhèn)溆谩?br />三、注意事項(xiàng)
1.用于裂解的噬菌體、宿主菌為新鮮培養(yǎng)獲得時(shí),裂解好、裂解噬菌體收獲量大。
2.液體培養(yǎng)裂解時(shí),如到培養(yǎng)時(shí)間時(shí)裂解尚未發(fā)生,可適當(dāng)提高培養(yǎng)溫度或加大搖震速度。
3.RNase A 、DnaseI消化不全,DNA、RNA可粘走部分噬菌體。
4.苯酚/氯仿抽提時(shí),注意PEG、蛋白質(zhì)等雜質(zhì)污染,它們會(huì)影響限制性內(nèi)切酶切割。
 
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