一、資料收集整理階段。本階段需要查找某個項目專題的文章,并寫出對該專題的綜述,以便對自己所要做的課題的現狀有一個基本的了解。
推薦軟件：Reference Manager 9.0
同類參考軟件：Endnote 3.1.2
二、序列分析、實驗設計模擬階段。
1.綜合性軟件。
這類軟件要求對本階段上述的大部分功能均具備，而且這類軟件在一些專項分析上仍有絕對優勢。
推薦軟件：DNASTAR 4.03
同類參考軟件：Vector NTI Suite 6.0,Omiga 2.0、DNASIS 2.5,DNATools 5.1
2.制酶分析。
可能是最簡單的功能了，用普通的文本搜索也能找出相應的序列位點。正因如此，我們希望軟件在結果輸出上有更完美的表現。另外幾乎所有的軟件都沒有考慮在酶切位點前應該有保護堿基，所以該分析通過，并不能在實驗中總能通過。
推薦軟件：DNAssist 1.0
同類參考軟件：Primer Premier 5.0,Vector NTI Suite 6.0和其他多種軟件
3.引物設計。
引物設計一般包括用于檢測和用于進一步分子操作的引物。其中用于分子操作的在原來序列上設計，加上接頭和保護堿基。但幾乎所有軟件都沒有考慮接頭和保護堿基的設計。因此能否對假定的引物進行各種屬性的分析，參考各種結果，最后找到合適的引物序列便成為選擇軟件的最關鍵。
推薦軟件：Primer3
同類參考軟件：Primer Premier 5.0,Vector NTI Suite 6.0,DNAClub,Oligo 5.0
4.序列比對。
序列比對包括部分完全相同序列查找和序列相似性排列兩類。與限制酶分析相似，由于這類軟件的算法沒有多大變化，內核大都是相同的，所以其結果輸出和易用性也成了更重要的標準。
推薦軟件: GeneDoc 3.2，MagAlign 4.03（Lasergene Suite）
同類參考軟件：Vector NTI Suite 6.0等
5.質粒作圖。
這也是最常用的序列顯示功能。我們要求軟件能對已知序列自動作圖，對未知序列但關鍵部位位置清楚的質粒也能作圖。主要是標示各種酶切位點、基因序列、特定結構域序列。
推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0
參考軟件：Winplas 2.6 pDRAW32 1.0.33等
6.結構域（motif）查找。
與限制酶的分析相似，這也是一個文本查找的內容，關鍵在于以何種方式顯示查詢結果。
推薦軟件：Primer Premier 5.0
7.序列查找下載工具。
推薦軟件：Vector NTI Suite 6.0: PubMed-Entrez Searching
參考軟件：Network Entrez
8.RNA二級結構預測及分析。
似乎人們在二級結構預測方面沒有什么明確的模型。因此，對這類軟件只能以參考參考的心態來使用了，不能報任何希望。
推薦軟件：RNAdraw 1.1b2
參考軟件：RNAStructure 3.5
9.蛋白二級結構分析。
不要指望軟件能給你帶來一個有三維結構的蛋白，所謂的分析只能給你一個蛋白某些片段有形成什么結構的趨向。結果判定還是要靠人本身。
推薦軟件：Vector NTI Suite 6.0 ：Bioplot
參考軟件：Antheprot 4.5
10.克隆策略圖譜。
幾乎所有人都用手工或用繪圖軟件來畫出整個克隆過程，各種位點只能大概估計，與核酸的序列之間的關系當然無從談起。現在終于有可以解決問題的軟件登陸了。
推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0
11.三維結構顯示。
用各種方法計算出來的各種三維結構的數據只有在相關軟件幫助的情況下，才能顯示出其本來面目，使得我們對這些分子的結構有一個直觀的體會。
推薦軟件：RasMol 2.7.1
參考軟件：ICMlite 1.0 Cn3D
12.翻譯/ORF Finding
推薦軟件：Gene Construction Kit 2.0
參考軟件：Primer Premier 5.0，Vector NTI Suite 6.0
13.格式轉換。
各種軟件為了自己軟件的需要有不同的格式，對我們使用數據帶來了困難。格式轉換軟件可以將不同格式數據轉換以方便使用。
推薦軟件：Seqverter 1.3
參考軟件：Visual Sequence Editor 1.1， Genestudio
三、實驗操作和數據分析階段
??本階段由于各實驗室的設備和方法的不同差異太大，如若用到軟件，請參考機器配備之軟件。但也有一些共同的要求和使用的軟件。
1.單向電泳條帶定量分析。
推薦軟件：BandScan 4.50
參考軟件：band leader 3.0
2.據統計分析作圖。可能在某些情況下需要用到這類軟件。由于專業的統計軟件也很多，比較出色。我們只推薦一個比較適合生物的軟件SigmaPlot 2000。
3.序列拼裝。這是多基因方面用得比較多的程序，在單基因的研究中有時也會用到。
推薦軟件：SeqMan 4.03 （Lasergene Suite）
參考軟件：Vector NTI Suite 6.0
四、文章寫作和結果發表
??本階段主要是對所獲得的結果整理，并發表在合適的地方。
1.文獻引用。
推薦軟件：EndNote 5.0
參考軟件：Reference Manager 9.0
2.生成出版質量的圖片。發表時，對用到的分子結構的圖片質量要求較高，直接從RasMol等軟件中截取的圖片質量不夠精美。
推薦軟件：Pov-Ray for Windows 3.1
參考軟件：molmol 2.5.1,mole 1.1.8
3.序列遞交。結果中有新的序列需要遞交到各大數據庫中必須符合各數據庫的要求。除了下面推薦的軟件外，也可以通過寫好一種格式后，用格式轉換軟件轉換為其他種類格式，以向不同的數據庫遞交序列。
