下列軟件大部分目前都已經(jīng)有新的版本，軟件介紹僅供參考。
1. DNASIS 2.5
DNASIS for Windows 2.5版是日立軟件公司（Hitachi Sofeware Engineering Co.,Ltd.）97年推出的一個(gè)功能強(qiáng)大的序列分析軟件。包含有大部分分子生物學(xué)軟件的常用功能，可進(jìn)行DNA，RNA，蛋白質(zhì)序列的編輯和分析，甚至還能進(jìn)行質(zhì)粒作圖、數(shù)據(jù)庫(kù)查詢等功能，足可滿足一般實(shí)驗(yàn)室的要求。
2. DNATools 5.1
DNATools設(shè)計(jì)的用戶友好、強(qiáng)壯，以便快速、方便地獲取、貯藏和分析序列及數(shù)據(jù)庫(kù)查詢獲得的序列相關(guān)信息。DNATools包容性很好，能把幾乎所有文本文件打開作為序列。當(dāng)程序不能辨別序列的格式時(shí)（通過(guò)尋找常用序列格式的特征），會(huì)顯示這個(gè)文件的文本形式，以便你編輯生成正確的蛋白質(zhì)或DNA序列，編輯后可以再被載入程序。若你的序列是DNATools格式時(shí)（DNA或寡核苷酸序列），程序不加注解的載入序列，程序模式調(diào)整成可以接受載入的數(shù)據(jù)類型（蛋白質(zhì)、DNA和寡核苷酸引物序列）。在一個(gè)項(xiàng)目中可以加入幾千個(gè)序列或引物，并在整個(gè)項(xiàng)目中分析這些序列及標(biāo)題。這個(gè)程序的一個(gè)特點(diǎn)是給每個(gè)序列或引物添加文本標(biāo)題。這樣就可以用自定義的標(biāo)題識(shí)別序列，而不必通過(guò)它們的文件名。為避免丟失數(shù)據(jù)-和你的工作-DNATools包括幾個(gè)挽救丟失數(shù)據(jù)的功能：一個(gè)5層的撤銷/重復(fù)功能，重新獲得原始序列的恢復(fù)功能，項(xiàng)目中加入新文件時(shí)的安全備份功能，以及在一定的時(shí)間間隔作完全備份或備份你的工。
3. DNAClub
DNA Club是一個(gè)簡(jiǎn)單的對(duì)DNA進(jìn)行與PCR有關(guān)的操作的軟件。它的功能有： 1、輸入DNA序列； 2、查找ORF序列； 3、把DNA翻譯成蛋白序列； 4、查找酶切位點(diǎn)； 5、查找PCR引物序列。 功能雖然都很簡(jiǎn)單，但非常實(shí)用，一般的用戶都可以很方便地使用。
4. Premier5.0
是由加拿大的Premier公司開發(fā)的專業(yè)用于PCR或測(cè)序引物以及雜交探針的設(shè)計(jì)和評(píng)估的軟件，和Plasmid Premier2.02一起是該公司推出的最新的軟件產(chǎn)品。其主要界面同樣也是分為序列編輯窗口（Genetank），引物設(shè)計(jì)窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和Motif分析窗口。這里我們主要介紹其引物設(shè)計(jì)功能，顧名思義，該軟件就是用來(lái)進(jìn)行引物設(shè)計(jì)的。可以簡(jiǎn)單地通過(guò)手動(dòng)拖動(dòng)鼠標(biāo)以擴(kuò)增出相應(yīng)片段所需的引物，而在手動(dòng)的任何時(shí)候，下面顯示各種參數(shù)的改變和可能的二聚體、異二聚體、發(fā)夾結(jié)構(gòu)等。也可以給定條件，讓軟件自動(dòng)搜索引物，并將引物分析結(jié)果顯示出來(lái)。而且進(jìn)行這些操作非常簡(jiǎn)單。其功能絕不在Oligo 5.0之下！
5. GeneDoc 3.2
GeneDoc能用用亮麗的色彩來(lái)區(qū)分相互間序列的同源性，輸出的格式一目了然，而且可以報(bào)告為進(jìn)化樹的格式。選擇項(xiàng)多，可以達(dá)到所需的要求。功能多又強(qiáng)，但要完全掌握，并不是很輕松的事。
6. MACAW 2.05
MACAW 是多序列構(gòu)建與分析工作臺(tái)軟件(Multiple Alignment Construction & Analysis Workbench, MACAW)是一個(gè)用來(lái)構(gòu)建與分析多序列片段的交互式軟件。MACAW具有幾個(gè)特點(diǎn)：1. 新的搜索算法查尋類似區(qū)，消除了先前技術(shù)的許多限制。2. 應(yīng)用一個(gè)最近發(fā)展的數(shù)學(xué)原理計(jì)算block類似性的統(tǒng)計(jì)學(xué)顯著性。3. 使用各種視圖工具，可以評(píng)估一個(gè)候選block包含在一個(gè)多序列中的可能性。4． 可以很容易地編輯每一個(gè)block。在多序列中查找一個(gè)類似片段并不是一件簡(jiǎn)單的事，主要是因?yàn)橐檎业牧繕O大。這正式MACAW所要解決的問題。
7. Clustal X
Clustal X 用來(lái)對(duì)核酸與蛋白序列進(jìn)行多序列比較（multiple sequence alignment）的軟件。多序列比較在分子生物學(xué)中是一個(gè)基本方法，用來(lái)發(fā)現(xiàn)特征序列，進(jìn)行蛋白分類，證明序列間的同源性，幫助預(yù)測(cè)新序列二級(jí)結(jié)構(gòu)與三級(jí)結(jié)構(gòu)，確定PCR引物，以及在分子進(jìn)化分析方面均有很大幫助，Clustal X很適合這些方面的要求。
8. Winplas 2.6
該軟件用來(lái)繪制發(fā)表質(zhì)量的質(zhì)粒圖，可廣泛應(yīng)用與論文、教材的質(zhì)粒插圖。其特性包括：1.知道序列或不知序列結(jié)構(gòu)均能繪制質(zhì)粒圖；2. 可讀入各種流行序列格式文件引入序列信息；3. 自動(dòng)識(shí)別限制位點(diǎn) 可構(gòu)建序列結(jié)構(gòu)，功能包括：從文件插入序列、置換序列、序列編輯、部分序列刪除等；4. 繪圖功能強(qiáng)大，功能包括：位點(diǎn)標(biāo)簽說(shuō)明、任意位置文字插入、生成彩圖、線性或環(huán)形序列繪制、可輸出到剪貼板、可輸出到圖像文件；5. 限制酶消化分析報(bào)告輸出與序列輸入報(bào)告功能。
9. RNAdraw 1.1b2
是一個(gè)進(jìn)行RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)計(jì)算的軟件。 1. 它 是Windows下的多文檔窗口 (multiple document interface) 軟件，允許你同時(shí)打開多個(gè)數(shù)據(jù)處理窗口。主窗口的工具條提供一些基本功能：打開文件、導(dǎo)入文件、關(guān)閉文件、設(shè)置程序參數(shù)、重排窗口、以及即時(shí)幫助和退出程序。2. RNAdraw中一個(gè)非常非常重要的特征是鼠標(biāo)右鍵菜單打開的菜單顯示對(duì)鼠標(biāo)當(dāng)前所指向的對(duì)象/窗口可以使用的功能列表。 3. RNA文庫(kù)（RNA Library）用一種容易操作的方式來(lái)組織你所有的RNA數(shù)據(jù)文件。
10. RNAStructure 3.5
RNA Structure 根據(jù)最小自由能原理，將Zuker的根據(jù)RNA一級(jí)序列預(yù)測(cè)RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的算法在軟件上實(shí)現(xiàn)。預(yù)測(cè)所用的熱力學(xué)數(shù)據(jù)是最近由Turner實(shí)驗(yàn)室獲得。提供了一些模塊以擴(kuò)展Zuker算法的能力，使之為一個(gè)界面友好的RNA折疊程序。
11. Cn3D
是由NCBI開發(fā)的用于觀看蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的軟件，其設(shè)計(jì)的主要目的是為NCBI在其站點(diǎn)中的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)MMDB提供專業(yè)的結(jié)構(gòu)觀察軟件，其主要的操作界面分為兩個(gè)窗口，如右圖所示，一個(gè)為結(jié)構(gòu)窗口，另一個(gè)為序列窗口。與其他的類似的軟件，如Rasmol，Weblabview等相比，其在結(jié)構(gòu)觀察方面主要功能上基本相似，但是圖形格式上比Rasmol和Weblabview要差一些。而在與網(wǎng)絡(luò)連接上，該軟件能依托NCBI所建立的所建立的MMDB結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫(kù)，能直接根據(jù)輸入的序列號(hào)從數(shù)據(jù)庫(kù)中利用其內(nèi)嵌的Entrez搜索引擎調(diào)出蛋白結(jié)構(gòu)來(lái)進(jìn)行觀察，比其他軟件要簡(jiǎn)便。而Cn3D主要的特點(diǎn)是能夠?qū)蓚�(gè)蛋白放在一起直觀地進(jìn)行三維結(jié)構(gòu)上的比較，如下圖中是將兩種核酸外切酶的三維結(jié)構(gòu)通過(guò)VAST對(duì)準(zhǔn)得到的結(jié)構(gòu)比較圖：同樣，Cn3D在結(jié)構(gòu)比較方面也能利用其內(nèi)嵌的Blast搜索引擎直接訪問Genbank數(shù)據(jù)庫(kù)找到具有局部相似性的結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)，并在三維結(jié)構(gòu)圖中顯示出二者具有相似性的結(jié)構(gòu)區(qū)域
12. Seqverter 1.3
Seqverter 1.3使用簡(jiǎn)單，填寫輸入文件和輸出文件名就可以完成格式轉(zhuǎn)換。而且能夠轉(zhuǎn)換的格式非常之多是其它軟件所無(wú)法比擬的。另外，它可在線升級(jí)以讀寫更多格式文件。
13. Visual Sequence Editor 1.1
1.可以同時(shí)顯示編輯多達(dá)200個(gè)核酸蛋白序列 2.將所有程序打包成一個(gè)庫(kù)文件 3.可以輸入輸出到很多格式序列： IG/Stanford；GenBank/GB；NBRF；EMBL；GCG；DNA Strider；Fitch；Pieron/FASTA；PIR/CODATA以及普通文本 4.可以直接讀取MACAW的文件，并能將各序列中的同源順序標(biāo)出 5.根據(jù)遺傳密碼（可以自定義）讀出一種或六種閱讀框 6.查看的字體大小，字母間隔等靈活可調(diào) 7.模糊查找特定序列。
14. band leader 3.0
提供處理DNA或蛋白分子凝膠電泳圖象和從凝膠電泳圖象獲得相關(guān)數(shù)據(jù)的工具。它可以對(duì)電泳圖譜進(jìn)行半定量分析，識(shí)別掃描得到的WINDOWS圖象格式 .BMP，是一個(gè)難得的好軟件。
15. Sequin 2.90
能向GenBank、EMBL、DDBJ三大核酸序列庫(kù)遞交序列。可以不用仔細(xì)考慮各數(shù)據(jù)庫(kù)文件的具體格式，以問答填表格的形式，將需遞交的序列和相關(guān)資料填好。可以在線直接發(fā)送，也可以生成相應(yīng)格式文件，以e-mail形式發(fā)送。
16. Omiga 2.0
實(shí)際上，大部分對(duì)核酸蛋白的序列分析功能，在Omiga 2.0中都能找到；而且界面非常友好。Omiga作為強(qiáng)大的蛋白質(zhì)、核酸分析軟件，它還兼有引物設(shè)計(jì)的功能。主要功能：編輯、瀏覽、蛋白質(zhì)或核酸序列，分析序列組成。用Clustal. W進(jìn)行同源序列比較，發(fā)現(xiàn)同源區(qū)。實(shí)現(xiàn)了核酸序列與其互補(bǔ)鏈之間的轉(zhuǎn)化，序列的拷貝、刪除、粘貼、置換以及轉(zhuǎn)化為RNA鏈，以不同的讀碼框、遺傳密碼標(biāo)準(zhǔn)翻譯成蛋白質(zhì)序列。查找核酸限制性酶切位點(diǎn)、基元（Motif）及開放閱讀框（ORF），設(shè)計(jì)并評(píng)估PCR、測(cè)序引物。查找蛋白質(zhì)解蛋白位點(diǎn)（Proteolytic Sites）、基元、二級(jí)結(jié)構(gòu)等。查尋結(jié)果可以以圖譜及表格的顯示，表格設(shè)有多種分類顯示形式。利用Mange快捷鍵，用戶可以向限制性內(nèi)切酶、蛋白質(zhì)或核酸基元、開放閱讀框及蛋白位點(diǎn)等數(shù)據(jù)庫(kù)中添加或移去某些信息。每一數(shù)據(jù)庫(kù)中都設(shè)有多種查尋參數(shù)，可供選擇使用。用戶也可以添加、編輯或自定義某些查尋參數(shù)。可從MacVectorTM、Wisconsin PackageTM等數(shù)據(jù)庫(kù)中輸入或輸出序列。另外，該軟件還提供了一個(gè)很有特色的類似于核酸限制酶分析的蛋白分析，對(duì)蛋白進(jìn)行有關(guān)的多肽酶處理后產(chǎn)生多肽片段。
17. TreeView
Tree View是用來(lái)生成與打印進(jìn)化樹的軟件，它可以讀取NEXUS與PHYLIP生成的進(jìn)化樹格式文件，生成進(jìn)化樹,并輸出到打印機(jī)。
18. Antheprot
蛋白質(zhì)序列分析軟件包ANTHEPROT 4.5是位于法國(guó)的蛋白質(zhì)生物與化學(xué)研究院（Institute of Biology and Chemistry of Proteins）用十多年時(shí)間開發(fā)出的蛋白質(zhì)研究軟件包。軟件包包括了蛋白質(zhì)研究領(lǐng)域所包括的大多數(shù)內(nèi)容，功能非常強(qiáng)大。應(yīng)用此軟件包，使用個(gè)人電腦，便能進(jìn)行各種蛋白序列分析與特性預(yù)測(cè)。更重要的是該軟件能夠提供蛋白序列的一些二級(jí)結(jié)構(gòu)信息，使用戶有可能模擬出未知蛋白的高級(jí)結(jié)構(gòu)。
19. BioEdit
是一個(gè)序列編輯器與分析工具軟件，功能非常強(qiáng)大，使用十分容易。功能包括：序列編輯、外掛分析程序、RNA分析、尋找特征序列、支持超過(guò)20000個(gè)序列的多序列文件、基本序列處理功能、質(zhì)粒圖繪制、等等等等。總之，功能強(qiáng)大，人人需要。
20. DNAMend
DNAmend是一名德國(guó)人編寫的用于對(duì)DNA序列進(jìn)行分析，編輯的專業(yè)軟件，主要的用途是在基因克隆過(guò)程中，利用其提供的對(duì)DNA序列的限制性酶切分析，開讀框搜索，序列轉(zhuǎn)譯，末端修剪等功能對(duì)DNA序列進(jìn)行酶切、連接、末端補(bǔ)平等模擬操作，為克隆流程設(shè)計(jì)及克隆過(guò)程監(jiān)視提供直觀的控制工具，便于對(duì)克隆中可能出現(xiàn)的問題進(jìn)行分析，并可將結(jié)果輸出用于發(fā)表文章。
21. Bioperl 常用的分子生物學(xué)編程語(yǔ)言
22. Biojave常用的分子生物學(xué)編程語(yǔ)言
23. Oligo 2.7M
引物分析著名軟件，主要應(yīng)用于核酸序列引物分析設(shè)計(jì)軟件，同時(shí)計(jì)算核酸序列的雜交溫度（Tm）和理論預(yù)測(cè)序列二級(jí)結(jié)構(gòu)。
24. Pcgene
pcgene在任何時(shí)候均有幫助，包括操作和pcgene計(jì)算所采取的理論原理。
pcgene軟件功能有：
一、根據(jù)膠板讀出序列（需特殊硬件支持）
二、核酸蛋白序列輸入、修改、編輯和打印輸出，物化參數(shù)計(jì)算（組成、分子量、等電點(diǎn)等）、特殊蛋白序列顯示方式、語(yǔ)音序列讀出
三、序列分析：
1.核酸一級(jí)結(jié)構(gòu)分析：查找子序列、正向反向重復(fù)序列查找、pcr引物序列分析、轉(zhuǎn)譯成蛋白序列、使用embl cds自動(dòng)轉(zhuǎn)譯、遺傳密碼更改
2.核酸位點(diǎn)分析：真核生物起始區(qū)位點(diǎn)分析，特殊位點(diǎn)檢測(cè)（核糖體可能結(jié)合位點(diǎn)等）
3.核酸表達(dá)區(qū)分析、序列比較、限制酶位點(diǎn)分析、核酸同源性比較、核酸序列參數(shù)統(tǒng)計(jì)信息
4.核酸二級(jí)結(jié)構(gòu)分析：回行結(jié)構(gòu)分析、RNA結(jié)構(gòu)、DNA螺旋、tRNA序列查找
5.蛋白一級(jí)結(jié)構(gòu)分析：查找子序列、蛋白->核酸序列、最佳寡核甘酸探針
6.蛋白位點(diǎn)分析、斷點(diǎn)分析、同源序列比較、二級(jí)結(jié)構(gòu)分析、序列統(tǒng)計(jì)結(jié)果
7.序列可以是單個(gè)的，也可以將它裝入數(shù)據(jù)庫(kù)分子生物應(yīng)用軟件pcgene共四張（1.44M） rar壓縮
25. Blast 2.2.3 2002-5-15
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)是一套在蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)或DNA數(shù)據(jù)庫(kù)中進(jìn)行相似性比較的分析工具。BLAST程序能迅速與公開數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行相似性序列比較。BLAST結(jié)果中的得分是對(duì)一種對(duì)相似性的計(jì)說(shuō)明。BLAST對(duì)一條或多條序列(可以是任何形式的序列)在一個(gè)或多個(gè)核酸或蛋白序列庫(kù)中進(jìn)行比對(duì)。BLAST還能發(fā)現(xiàn)具有缺口的能比對(duì)上的序列。 BLAST是基于Altschul等人在J.Mol.Biol上發(fā)表的方法(J.Mol.Biol.215:403-410(1990)),在序列數(shù)據(jù)庫(kù)中對(duì)查詢序列進(jìn)行同源性比對(duì)工作。從最初的BLAST發(fā)展到現(xiàn)在NCBI提供的BLAST2.0,已將有缺口的比對(duì) 序列也考慮在內(nèi)了。BLAST可處理任何數(shù)量的序列,包括蛋白序列和核算序列;也可選擇多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)但數(shù)據(jù)庫(kù)必須是同一類型的,即要么都是蛋白數(shù)據(jù)庫(kù)要么都是核酸數(shù)據(jù)庫(kù)。所查詢的序列和調(diào)用的數(shù)據(jù)庫(kù)則可 以是任何形式的組合,既可以是核酸序列到蛋白庫(kù)中作查詢,也可以是蛋白序列到蛋白庫(kù)中作查詢,反之亦然。
1、BLASTP是蛋白序列到蛋白庫(kù)中的一種查詢。庫(kù)中存在的每條已知序列將逐一地同每條所查序列作一對(duì)一的序列比對(duì)。
2、BLASTX是核酸序列到蛋白庫(kù)中的一種查詢。先將核酸序列翻譯成蛋白序列（一條核酸序列會(huì)被翻譯成可能的六條蛋白），再對(duì)每一條作一對(duì)一的蛋白序列比對(duì)。
3、BLASTN是核酸序列到核酸庫(kù)中的一種查詢。庫(kù)中存在的每條已知序列都將同所查序列作一對(duì)一地核酸序列比對(duì)。
4、TBLASTN是蛋白序列到核酸庫(kù)中的一種查詢。與BLASTX相反，它是將庫(kù)中的核酸序列翻譯成蛋白序列，再同所查序列作蛋白與蛋白的比對(duì)。
5、TBLASTX是核酸序列到核酸庫(kù)中的一種查詢。此種查詢將庫(kù)中的核酸序列和所查的核酸序列都翻譯成蛋白（每條核酸序列會(huì)產(chǎn)生6條可能的蛋白序列），這樣每次比對(duì)會(huì)產(chǎn)生36種比對(duì)陣列。
26. EndNote
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