用第一套引物擴增15～30個循環，再用擴增DNA片段內設定的第二套引物擴增15～30個循環，這樣可使待擴增序列得到高效擴增，而次級結構卻很少擴增。用起始引物限量方法或Centricon30(Amicon)分子濾過器離心，在第二套引物加入前去除第一引物。此方法已成功地用來分析中國倉鼠卵巢細胞AS52的分子突變。AS52細胞含有單拷貝的細胞gpt（guanine phos－phribosy transferase）基因，與哺乳動物具有同源性。套式引物PCR減少了引物非特異性退火，從而增加了特異性擴增，提高了擴增效率。對環境樣品中微生物檢測和單拷貝的基因靶DNA的擴增是非常有效的。
若將套式PCR的內外引物稍加改變，延長外引物長度（至25～30bp），同進縮短內引物長度（15～17bp），使外引物先在高溫退火溫度下做雙溫循環擴增，然后改換至三溫循環，使內引物在外引物擴增的基礎上作低溫火溫度的三溫循環直到擴增完成，這樣就可以使兩套引物一次同時加入，兩種循環一氣呵成，等于只做一次PCR，而靈敏度與套式二次PCR無異，在我們最近推出的PTc 51氣流式DNA熱循環儀上就可以完成全部程序。
套式一次PCR的成功，使PCR檢測的全過程可以在5h內完成，使當天出檢驗報告成為現實，也使PCR檢測走入臨床有了現實的基礎。
