1. 宿主范圍廣, 對人致病性低
腺病毒載體系統可廣泛用于人類及非人類蛋白的表達。腺病毒可感染一系列哺乳動物細胞，因此在大多哺乳動物細胞和組織中均可用來表達重組蛋白。特別需要指出的是：腺病毒具有嗜上皮細胞性，而人類的大多數的腫瘤就是上皮細胞來源的。另外，腺病毒的復制基因和致病基因均已相當清楚，在人群中早已流行（70-80%成人體內都有腺病毒的中和抗體存在）。人類感染野生型腺病毒后僅產生輕微的自限性癥狀，且病毒唑治療有效。
2. 在增殖和非增殖細胞中感染和表達基因
逆轉錄病毒只能感染增殖性細胞，因此DNA轉染不能在非增殖細胞中進行，而必須使細胞處于持續培養狀態。腺病毒則能感染幾乎所有的細胞類型，除了一些抗腺病毒感染的淋巴瘤細胞。腺病毒是研究原代非增殖細胞基因表達的最佳系統，它可以使轉化細胞和原代細胞中得到的結果直接進行對比。
3. 能有效進行增殖，滴度高
腺病毒系統可產生1010到1011VP/ml，濃縮后可達1013VP/ml，這一特點使它非常適用于基因治療。
4. 與人類基因同源
腺病毒載體系統一般應用人類病毒作為載體，以人類細胞作為宿主，因此為人類蛋白進行準確的翻譯后加工和適當的折疊提供了一個理想的環境。大多數人類蛋白都可達到高水平表達并且具有完全的功能。
5. 不整合到染色體中，無插入致突變性
逆轉錄病毒可隨機整合到宿主染色體，導致基因失活或激活癌基因。而腺病毒則除了卵細胞以外幾乎在所有已知細胞中都不整合到染色體中，因此不會干擾其它的宿主基因。在卵細胞中整合單拷貝病毒則是產生具有特定特征的轉基因動物的一個較好的系統。
6. 能在懸浮培養液中擴增
293細胞可以適應懸浮培養，這一調整可使病毒大量擴增。大量事實證明懸浮293細胞可在1～20L的生物反應器中表達重組蛋白。
7. 能同時表達多個基因
這是第一個可以在同一細胞株或組織中用來設計表達多個基因的表達系統。最簡單的方法是將含有兩個基因的雙表達盒插入腺病毒轉移載體中，或者用不同的重組病毒共轉染目的細胞株來分別表達一個蛋白。測定不同重組病毒的MOI比值可正確估計各重組蛋白的相對共表達情況。
正是由于具有以上一些優點，腺病毒被極其廣泛地應用于體外基因轉導、體內接種疫苗、和基因治療等各個領域。
