SDL方法(Gene splicing by directed liga- tion),即直接拼接法,在SOE法基礎上又有新的突破:
(1)限制性內切酶,EcoRI核酸內切酶(或其它Ⅱs類限制性內切酶)能專一性識別 6bp的非回文序列,并能單向特異性地切斷EcoRI識別的6bp以外的1—5個核苷酸,產 生一個以突出的4個核苷酸為結尾的5'末端。因而該伸頭末端與酶切位點序列無關, 而是由切點附近的序列決定的。
(2)擴增時實際運用的引物的構建。以exon5的實用引物為例:5'鏈引物包括常規5' 鏈引物序列和BamHI識別位點及起密碼序列;3'鏈引物包括常規3'鏈引物和AC及EcoRI 識別位點。
。3)唯一性末端的形成。經擴增和限制性內切酶處理后可得供拼接的exon5,它的右 側突出末端TCAC中,TC為原始exon5的一部分,AC為原始exon6的一部分,且TCAC與 exon6的AGTG互補配對,其余類推。因為這種結尾相同的幾率為1/259,故可被視作 “唯一性末端”。
。4)把經擴增的exon5、exon6和exon7混合,依據堿基互補配對原則,它們就能按順 序依次拼接。
(1)限制性內切酶,EcoRI核酸內切酶(或其它Ⅱs類限制性內切酶)能專一性識別 6bp的非回文序列,并能單向特異性地切斷EcoRI識別的6bp以外的1—5個核苷酸,產 生一個以突出的4個核苷酸為結尾的5'末端。因而該伸頭末端與酶切位點序列無關, 而是由切點附近的序列決定的。
(2)擴增時實際運用的引物的構建。以exon5的實用引物為例:5'鏈引物包括常規5' 鏈引物序列和BamHI識別位點及起密碼序列;3'鏈引物包括常規3'鏈引物和AC及EcoRI 識別位點。
。3)唯一性末端的形成。經擴增和限制性內切酶處理后可得供拼接的exon5,它的右 側突出末端TCAC中,TC為原始exon5的一部分,AC為原始exon6的一部分,且TCAC與 exon6的AGTG互補配對,其余類推。因為這種結尾相同的幾率為1/259,故可被視作 “唯一性末端”。
。4)把經擴增的exon5、exon6和exon7混合,依據堿基互補配對原則,它們就能按順 序依次拼接。