先取少量純化的重組質粒，用限制性內切酶切出目的基因，經電泳分離，確認。以200μl含2mg DNA（重組質粒）為例：取10μl含100μg DNA，加90μl TE。按1μg DNA加2-5U限制性內切酶，1/10體積緩沖液，1-2小時保溫。緩沖液種類和酶反應溫度因內切酶種類而異。1/10體積3mol/l NaAc，2倍無水乙醇，－70℃，2小時（－20℃過夜），10000rpm，10分鐘離心，棄上清液（乙醇沉淀）。適量TE溶解沉淀（切斷的DNA質粒與目的基因混合物），電泳分離（用相應分子量DNA標準同時電泳），在紫外光下觀察結果，與標準DNA分子量比較，確認目的基因和內切酶的切割效果。
　　經電泳確認后，取適量DNA（重組質粒）同上條件切開，用1.5％低熔點（＜65℃熔解）瓊脂糖凝膠，電泳分離。在紫外光下，切出含目的基因區帶（凝膠），放入離心管中，提取純化。
　 從低熔點凝膠提取，純化DNA片段。加與凝膠體積相等的TE（10mmol/l Tris-HCl pH8.0，0.1mmol/l EDTA），置65℃水浴5分鐘保溫，使凝膠完全溶解。待放至室溫，加等量酚（TE飽和，TE封在上層，取下層酚），輕輕混勻（不用混勻），12000rpm，3分鐘離心。反復1-2次。取上層液，加0.1體積3mol/L醋酸鈉（pH5.2）和2.5倍體積無水乙醇，進行乙醇沉淀。將純化的DNA加適量TE溶解，測定含量，備用（可用于目的基因結構分析，探針制備等）。除低熔點凝膠回收法外，如用一般凝膠可用透析帶短暫電泳，離心管低部加玻璃棉，高速離心等方法回收DNA片段。