雜交膜是一種多孔、表面積很大的固相載體，核酸一旦固定在上面，就可用雜交法進行檢測。最常使用的膜是硝酸纖維素膜，用于放射性和非放射笥標記探針都很方便，產生的本底淺，與核酸結合的化學性質不是很清楚，推測為非共價鍵結合。經80℃烤干2h和雜交處理后，核酸仍不會脫落。硝酸纖維素膜的另一特點是只與蛋白有微弱非特異結合，這在使用非同位素探針中尤為有用。硝酸纖維素膜的缺點是結合核酸能力的大小取決于轉印條件和高濃度鹽（＞10×SSC），與小片段核酸（＜200bp）結合不牢，質地脆，不易操作。
　　尼龍膜在某些方面比硝酸纖維素膜好，它的強度大、耐用，可與小至10bp的片段共價結合。在低離子濃度緩沖液等多種條件下，它們都可與DNA單鏈或RNA緊密結合，且多數膜不需燒烤。尼龍膜韌性好，可反復處理與雜交，而不丟失被檢標本。它通過疏水鍵和離子鍵與核酸結合，結合力為350～500μg/cm2，比硝酸纖維素膜（80～100μg/cm2）強許多。尼龍膜的缺點是對蛋白有高親合力，不宜使用非同位素探針。