Northern雜交與Southern雜交很相似。主要區別是被檢測對象為RNA,其電泳在變性條件下進行,以去除RNA中的二級結構,保證RNA完全按分子大小分離。變性電泳主要有3種:乙二醛變性電泳、甲醛變性電泳和羥甲基汞變性電泳。電泳后的瓊脂糖凝膠用與Southern轉移相同的方法將RNA轉移到硝酸纖維素濾膜上,然后與探針雜交。

　　(1)RNA經變性電泳完畢后,可立即將乙醛酰RNA轉移至硝酸纖維素濾膜上。轉移方法與轉移DNA的方法相似。
　　(2)轉移完畢后 ,以6×SSC溶液于室溫浸泡此膜5分鐘,以除去瓊脂糖碎片。
　　(3)將該雜交膜夾于兩張濾紙中間,用真空烤箱于80℃干燥0.5-2小時。
　　(4) 用下列兩種溶液之一進行預雜交，時間為1-2小時。若于42℃進行,應采用: 50%甲酰胺，5×SSPE，2×Denhardt's試劑，0.1% SDS；若于68℃進行,應采用:6×SSC，2×Denhardt's試劑，0.1% SDS，（注意：BLOTTO不能用于Northern雜交）。
　　(5) 在預雜交液中加入變性的放射性標記探針,如欲檢測低豐度mRNA,所用探針的量至少為0.1μg,其放射性比活度應大于2×108 cpm/分·μg,放在適宜的溫度條件下雜交16-24小時。
　　(6) 用1×SSC、0.1% SDS于室溫洗膜20分鐘,隨后用0.2×SSC、0.1% SDS于68℃洗膜3次,每次20分鐘。
　　(7) 用X光片(Kodak XAR-2或與之相當的產品)進行放射自顯影,附加增感屏于-70℃曝光24-48小時。
　　[注意]
　　(1)如果瓊脂糖濃度高于1%，或凝膠厚度大于0.5cm，或待分析的RNA大于2.5kb,需用0.05mol/LNaOH浸泡凝膠20分鐘,部分水解RNA并提高轉移效率。浸泡后用經DEPC處理的水淋洗凝膠,并用20×SSC浸泡凝膠45分鐘。然后再轉移到濾膜上。
　　(2)在步驟(3)的操作中，如果濾膜上含有乙醛酰RNA,雜交前需用20mmol/L Tris·Cl (pH8.0)于65℃洗膜,以除去RNA上的乙二醛分子。
　　(3)RNA自凝膠轉移至尼龍膜所用方法，與RNA轉移至硝酸纖維素濾膜所用方法類似。
　　(4)含甲醛的凝膠在RNA轉移前需用經DEPC處理的水淋洗數次,以除去甲醛。當使用尼龍膜雜交時注意，有些帶正電荷的尼龍膜在堿性溶液中具有固著核酸的能力，需用7.5mmol/LNaOH溶液洗脫瓊脂糖中的乙醛酰RNA，同時可部分水解RNA，并提高較長RNA分子(>2.3kb)轉移的速度和效率。此外，堿可以除去mRNA分子的乙二醛加合物,免去固定后洗脫的步驟。乙醛酰RNA在堿性條件下轉移至帶正電荷尼龍膜的操作也按DNA轉移的方法進行，但轉移緩沖液為7.5mmol/LNaOH，轉移結束后(4.5-6.0小時)，尼龍膜需用2×SSC、0.1%SDS淋洗片刻、于室溫晾干。
　　(5)尼龍膜的不足之處是背景較高,用RNA探針時尤為嚴重。將濾膜長時間置于高濃度的堿性溶液中,會導致雜交背景明顯升高,可通過提高預雜交和雜交步驟中有關阻斷試劑的量來予以解決。
　　(6)如用中性緩沖液進行RNA轉移,轉移結束后,將晾干的尼龍膜夾在兩張濾紙中間,80℃干烤0.5-2小時,或者254nm波長的紫外線照射尼龍膜帶RNA的一面。后一種方法較為繁瑣,但卻優先使用,因為某些批號的帶正電荷的尼龍膜經此處理后,雜交信號可以增強。然而為獲得最佳效果,務必確保尼龍膜不被過度照射，適度照射可促進RNA上小部分堿基與尼龍膜表面帶正電荷的胺基形成交聯結構,而過度照射卻使RNA上一部分胸腺嘧啶共價結合于尼龍膜表面,導致雜交信號減弱。