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食品伙伴網服務號
 

基因芯片樣品制備

放大字體  縮小字體 發布日期:2006-07-06

一般說來應用DNA芯片進行實驗包括5個過程:生物學問題的提出和芯片設計;樣品制備;生物雜交反應;結果探測;數據處理和建模。

1.樣品制備。一般所需mRNA的量是以一張表達譜芯片需要3μg mRNA計算的

不同組織抽提310μg mRNA所需組織量

器官/組織*

提取3μgmRNA所需組織量()

提取10μgmRNA所需織量()

RNA得率[單位:毫克RNA/克組織]

mRNA所占百分比[%]

成人正常組織

0.2083

0.6944

1.80 - 1.80 mg/g

0.80

成人正常組織

缺數據

缺數據

1.30 - 1.30 mg/g

缺數據

成人正常組織

0.3000

1.0000

1.00 - 1.00 mg/g

1.00

成人正常組織

0.5000

1.6667

0.60 - 0.60 mg/g

1.00

成人正常組織

0.1852

0.6173

2.70 - 2.70 mg/g

0.60

成人正常組織

0.3125

1.0417

1.20 - 1.20 mg/g

0.80

病理組織

結腸癌

0.2521

0.8403

1.70 - 1.70 mg/g

0.70

病理組織

胃癌

0.4317

1.4388

0.50 - 0.50 mg/g

1.39

病理組織

空腸腺癌

0.3571

1.1905

1.40 - 1.40 mg/g

0.60

病理組織

直腸癌

0.1604

0.5348

1.70 - 1.70 mg/g

1.10

病理組織

肝癌

0.1116

0.3720

3.84 - 3.84 mg/g

0.70

病理組織

肺癌

0.1282

0.4274

2.00 - 2.00 mg/g

1.17

考慮到個體差異以及樣品在研磨、勻漿等過程中的損失,客戶提供的樣品量應在上述基礎上增加1-2倍。

2 樣本采集過程關鍵點.

組織標本采集操作建議規程,(取標本所需關鍵器材和處理要求 )

鋁箔

DEPC水浸泡過夜,78°C烘干,高壓滅菌后烘干

1.5 ml 微離心管
15 ml
聚丙烯離心管

市場有售RNAase-Free的相應規格離心管

標簽紙

記號筆

樣品登記表

由客戶指定專人填寫

液氮罐

應常備液氮罐,并保證液氮的來源

取材部位的病理切片

由客戶提供1-2

注:
·
以下步驟1 5應在冰上進行且不超過15分鐘,超過時間會導致樣品的RNA降解。
·
對腫瘤組織的取材,要求盡可能準確地判定腫瘤和正常組織,例如對于手術切除的整個或部分前列腺,可能要根據冰凍切片報告的結果來判定要進行研究的取材部位。

1 離體新鮮組織,切成多個1cm3小塊,剔除結締組織和脂肪組織。胃、腸組織應剪除外膜;肝、腎、脾應剪除門部血管神經,腫瘤組織應將周圍的正常組織切除干凈(正常組織也應將周圍的腫瘤組織切除干凈)。

2RNase-Free 0.9%生理鹽水中漂洗樣品,以去除血漬和污物。

3 用鋁箔包裹組織,或用5ml凍存管裝載組織(但最好統一采用鋁箔)。用記號筆在鋁箔或凍存管外表寫明樣品編號,并貼上標簽,迅速投入液氮冷卻。

4 填寫樣品登記表,寫明樣品名稱、種類、編號、取樣日期、樣品處理情況等

將液氮冷卻的組織放入樣品袋(每個樣品袋只保存同樣的組織),袋口留一根編號繩,繩上粘一張標簽紙(標簽上注明:樣品名稱、編號、日期),迅速轉入便攜式液氮罐

5 保留1-2張取材部位的病理切片。

 
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