既有透射電子顯微鏡又有掃描電子顯微鏡的顯微鏡。象SEM一樣，STEM用電子束在樣品的表面掃描，但又象TEM，通過電子穿透樣品成像。STEM能夠獲得TEM所不能獲得的一些關于樣品的特殊信息。STEM技術要求較高，要非常高的真空度，并且電子學系統比TEM和SEM都要復雜。