人的衛星DNA 或稱隨體DNA 是由一些短的DNA 片段（10bp 左右）多次重復所構成的。重復片段的組成和拷貝數在不同的個體及基因組的不同位置上不一樣。提取不同個體的基因組DNA 后，用其切點能識別序列為4 個堿基而又不切割該重復片段的限制性內切酶在重復片段的兩側切割基因組DNA ，然后將樣品進行凝膠電泳。不同長度的重復片段（主要是由于重復單位的拷貝數不同所致）就會分開，再與含有這些重復序列的特異性探針雜交，便形成有個體特異性的放射性自顯影圖，亦稱為DNA 指紋。DNA 指紋的圖譜取決于所用探針的核心序列（即重復序列中的重復單位）。目前所用的探針有兩種，即探針33.15 。其核心序列為AGAGGTGGGCAGGTGG, 和33.6 ，即AGGGCTGGAGG 。這就是說這兩種序列在人體基因組中不同的位置上分別重復不同的次數，而在不同個體的基因組中，對應位置上這兩種核心序列的重復次數也不相同。這樣用這兩種探針之一與合適的酶切割的人體基因組DNA 片段雜交，在不同的個體將得到不同的DNA 指紋，而且探針33.5 的DNA 指紋圖也不相同。DNA 指紋具有細胞穩定性和種系穩定性，是按孟德爾規律遺傳的，而且雜合性高。雜合性可以這樣來理解，對于由點突變引起的RFLP ，就某一個多態性切點來說只有兩種多態性，即切點有（ ）或切點無（- ）。而對由于高變區重復片段長度不同所引起的RFLP 來說，在基因組上某一個位置核心序列的重復次數在不同的個體不一樣，比如在個體Ａ為10 個拷貝，個體Ｂ為15 個拷貝，而個體Ｃ又可能為18 個拷貝等等。因此，在不同個體同一個相應位置上核心序列的重復次數就是多態的，而不是雙態的。即使在基因組上的某一個位置處核心序列的次數一樣，從而被酶切出的長度相同，但在基因組的其他位置上該核心序列重復次數又可能不同。由于DNA 指紋是按孟德爾規律遺傳的，子代的DNA 指紋圖可以追溯到其父母DNA 指紋圖上，而在不是其父母的DNA 指紋圖上則很難找到與其一樣的小隨體DNA 片段。在父親的5 條可分辨的小隨體DNA 片段中，有4 條處于雜合狀態，即這4 條DNA 片段有不同的個體長度。因此，因高變區核心序列重復次數不同引起的RLFP 才是真正的多態性。在不同個體，這種RLFP 即DNA 指紋可以說不存在相同的。即使使用一種探針產生的DNA 指紋圖無法鑒定這兩個個體，如再用另一種探針便有可能將這兩個個體區分開。DNA 指紋技術已被應用于親子鑒定和法醫學上對罪犯的確認等領域。