卡氏肺孢子蟲感染嚴重時引起的機會性卡氏肺孢子蟲肺炎多發生在早產兒，營養不良的嬰兒和免疫受抑制的兒童和成人。
臨床表現
　　1.干咳、氣促、呼吸困難和紫紺。 2.發熱或無熱。 3.納差，偶有腹瀉，體重減輕。 4.雙肺偶聞及少許羅音。 5.幼兒可發生縱隔氣腫和皮下氣腫。 6.部分成人患者可有肝、脾腫大。
診斷依據
　　1.多見于免疫缺陷或激素、免疫抑制藥物治療后的患者。 2.早期有發熱、干咳、氣短，晚期常有嚴重呼吸困難、紫紺、進行性低氧血癥、呼吸衰竭，肺部體征可聽到散在的干性和濕性羅音。 3.胸部Ｘ線檢查：早期呈粟粒狀或網狀、結節狀的間質性炎癥，以肺門周圍浸潤為主，向肺的外周播散，繼而出現肺泡性炎癥改變，病變廣泛而呈向心性分布，與肺水腫相仿。 4.痰液、氣管內抽吸物、支氣管肺泡灌洗液或肺活檢標本，找到卡氏肺孢子蟲的包囊或滋養體為確診依據。 5.卡氏肺孢子蟲補體結合試驗呈陽性反應有助診斷。
治療原則
　　1.病原治療。 2.支持對癥治療。 3.防止并發癥。
用藥原則
　　1.用“Ａ”項藥物治療缺氧嚴重可用面罩吸氧或機械通氣。 2.加強護理和并發癥的治療，體質極弱者可選“Ｃ”項藥物治療。
輔助檢查
　　1.以檢查框限“Ａ”為主； 2.病情嚴重或診斷有困難者，檢查框限可包括“Ａ”、“Ｂ”、“Ｃ”。
療效評價
　　1.治愈：癥狀消失，Ｘ線檢查肺部病變吸收，經痰、氣管內吸取物等兩種以上方法未找到卡氏肺孢子蟲（治療前檢查陽性者必須復查并轉為陰性）。 2.好轉：癥狀減輕或消失，Ｘ線檢查肺部病變有好轉。 3.未愈：癥狀未改善，Ｘ線檢查肺部病變未見好轉。