食品安全性也是轉基因植物安全性評價的一個重要方面。經(jīng)合組織1993年提出了食品安全性評價的實質等同性原則。如果轉基因植物生產(chǎn)的產(chǎn)品與傳統(tǒng)產(chǎn)品具有實質等同性，則可以認為是安全的。如轉病毒外殼蛋白基因的抗病毒植物及其產(chǎn)品與田間感染病毒的植物生產(chǎn)的產(chǎn)品都帶有外殼蛋白，這類產(chǎn)品應該認為是安全的。若轉基因植物生產(chǎn)的產(chǎn)品與傳統(tǒng)產(chǎn)品不存在實質等同性，則應進行嚴格的安全性評價。在進行實質等同性評價時，一般需要考慮以下一些主要方面。
有毒物質。必須確保轉入外源基因或基因產(chǎn)物對人畜無毒。如轉Bt殺蟲基因玉米除含有Bt殺蟲蛋白外，與傳統(tǒng)玉米在營養(yǎng)物質含量等方面具有實質等同性。要評價它作為飼料或食品的安全性，則應集中研究Bt蛋白對人畜的安全性。目前已有大量的實驗數(shù)據(jù)證明Bt蛋白只對少數(shù)目標昆蟲有毒，對人畜絕對安全。
過敏源。在自然條件下存在著許多過敏源。在基因工程中如果將控制過敏源形成的基因轉入新的植物中，則會對過敏人群造成不利的影響。所以，轉入過敏源基因的植物不能批準商品化。如美國有人將巴西堅果中的2S清蛋白基因轉入大豆，雖然使大豆的含硫氨基酸增加，但也未獲批準進入商品化生產(chǎn)。另外還要考慮營養(yǎng)物質和抗營養(yǎng)因子的含量等。
有毒物質。必須確保轉入外源基因或基因產(chǎn)物對人畜無毒。如轉Bt殺蟲基因玉米除含有Bt殺蟲蛋白外，與傳統(tǒng)玉米在營養(yǎng)物質含量等方面具有實質等同性。要評價它作為飼料或食品的安全性，則應集中研究Bt蛋白對人畜的安全性。目前已有大量的實驗數(shù)據(jù)證明Bt蛋白只對少數(shù)目標昆蟲有毒，對人畜絕對安全。
過敏源。在自然條件下存在著許多過敏源。在基因工程中如果將控制過敏源形成的基因轉入新的植物中，則會對過敏人群造成不利的影響。所以，轉入過敏源基因的植物不能批準商品化。如美國有人將巴西堅果中的2S清蛋白基因轉入大豆，雖然使大豆的含硫氨基酸增加，但也未獲批準進入商品化生產(chǎn)。另外還要考慮營養(yǎng)物質和抗營養(yǎng)因子的含量等。