存在于抗原分子表面，決定該抗原特異性的特殊化學集團。抗原以此與相應淋巴細胞的抗原受體結合而激活淋巴細胞引起免疫應答；淋巴細胞表面的抗原識別受體則通過識別抗原決定簇來區分“自己”與“非己”；抗原與相應抗體的特異性結合也通過抗原決定簇來完成。因此抗原決定簇是使免疫應答和免疫反應具有特異性的物質基礎。抗原決定簇是抗原分子的一小部分，其大小相當于相應抗體的結合部位。它們可由5～7個氨基酸、單糖或核苷酸所組成。每一個抗原決定簇，其性質和空間構型決定著一種特異性，可與一種抗體結合。多種抗原決定簇也就決定著多種抗原特異性。一個抗原分子可以有一種或多種不同的抗原決定簇，這些決定簇的組成與空間排列各不相同，從而決定了抗原的特異性。抗原分子中能與相應抗體分子結合的抗原決定簇的總數稱為抗原結合價。在抗原分子內部存有無功能的、隱蔽的抗原決定簇。只在理化因素的處理下暴露到抗原分子的表面時，才能起抗原決定簇的作用。