一種囊狀小體，其形態和大小有較大的差別，直徑可在50nm和幾μm之間。外面是一層單位膜，里面包含約50種水解酶，在酸性條件下，對蛋白質、肽、糖、中性脂質、糖脂、糖蛋白、核酸等多種物質起水解作用。溶酶體的酶是由固著核蛋白體合成的，經高爾基體加工，然后分離出來成為初級溶酶體，當初級溶酶體與自噬體（細胞內衰老、破損的各種細胞器或過剩的分泌顆粒，由內質網包圍形成）或吞噬體（外來的細菌、病毒等，經細胞膜以內吞方式吞入細胞形成）接觸，雙方接觸處的膜融合，隨之內容物混合形成次級溶酶體，在次級溶酶體中，水解酶對原自噬體和吞噬體中的物質進行分解消化。消化后的產物如氨基酸、單糖、脂肪酸等，通過溶酶體膜進入胞漿中供細胞膜利用。未能分解的物質殘留其中形成殘余體。有的殘余體存留在細胞內，有的則以胞吐的方式排出細胞。因此，溶酶體是細胞內重要的消化器官。