對糞便的肉眼觀察及顯微鏡檢查，是檢查消化道疾病的常用檢查。正常糞便由已消化或未完全消化的食物殘渣、消化液、細菌、腸道脫落細胞等組成，呈褐色、圓柱狀軟便。肉眼觀察包括對糞便的形狀、硬度、顏色、氣味，有無粘液、膿血、寄生蟲、結石及異物等方面的檢查。糞便的性狀與疾病有關，其病理變化常提供特殊的臨床意義。例如，出現稀水樣便表示腸蠕動亢進，可見于各種原因腹瀉；粘液、膿血可見于結腸炎癥，如細菌性或阿米巴性痢疾、潰瘍性結腸炎、結腸或直腸癌等。如有上消化道出血（消化性潰瘍、食道靜脈曲張等），可見黑色柏油樣便；而下消化道出血（直腸癌、痔、肛裂等），糞中可見鮮血；如大便出現陶土樣外觀，系膽汁缺乏所致；糞便變細或呈扁條狀，是因直腸癌或直腸狹窄造成的等。加生理鹽水做成糞便涂片的顯微鏡檢查亦極為重要，檢查時要注意糞中有無寄生蟲卵或蟲體，陽性發現具確診意義；各種細胞，如上皮細胞，紅、白細胞，結腸腫瘤，甚致可發現腫瘤細胞；未消化食物等。糞便成分很復雜，除因疾病變化外，還極易受食物影響，如食用大量綠葉蔬菜或服用鐵劑及某些中藥等，也可使糞便顏色變深或呈黑色，應與柏油便鑒別。又由于糞便不是均勻的，應注意采取可能存在病理變化的部分。