在正常情況下，人體和正常菌群之間以及正常菌群中各細菌之間，保持一定的生態平衡。如果生態平衡失調，以至機體某一部位的正常菌群中各細菌的比例關系發生數量和質量上的變化，稱為菌群失調。菌群失調的常見誘因主要是使用抗生素、同位素、激素、患有慢性消耗性疾病時腸道、呼吸道、泌尿生殖道的功能失常也是重要原因。去除誘因后一般可使菌群復常，也有長期失調難于逆轉的情況。臨床上常見的菌群失調癥有：①耐藥性葡萄球菌繁殖成優勢菌而發生腹瀉，偶爾發生致死性葡萄球菌膿毒血癥；②變形桿菌和假單胞菌生長旺盛并侵入組織發生腎炎或膀胱炎；③白色念珠菌大量繁殖，引起腸道、肛門或陰道感染，也可發展成全身感染；④艱難梭菌在結腸內大量繁殖，并產生一種腸毒素及細菌毒素，導致假膜性腸炎。