有些細菌能產生色素，對細菌的鑒別有一定意義。細菌色素有兩類：①水溶性色素，能彌形至培養基或周圍組織，如綠膿桿菌產生的綠膿色素使培養基或膿汗呈綠色。②脂溶性色素，不溶于水，僅保持在菌落內使之呈色而培養基顏色不變，如金黃色葡萄球菌色素。細菌色素的產生需一定條件（營養豐富、氧氣充足、溫度適宜），無光合作用，對細菌的功能尚不清。