酵母菌不是分類學上的名詞，而是一個習慣上的名稱。現知酵母菌大約有39屬、370余種，分屬于子囊菌綱、擔子菌綱和半知菌綱三個類群。

　　大多數酵母菌為單細胞，一般呈卵圓形、圓形或圓柱形，細胞寬約1～5微米，長約5～30微米。有些酵母菌的細胞連在一起形成鏈狀，稱為假菌絲。

　　酵母菌與霉菌同屬真核微生物，細胞中有真正細胞核。細胞壁的主要成分為葡聚糖與甘露聚糖。

　　大多數酵母菌的菌落與細菌菌落相似，但較細菌菌落大而厚，菌落表面濕潤、粘稠、容易挑起，菌落顏色多呈乳白色，只有少數為紅色。