生活史尚未完全了解的一大類真菌。大多只發現其無性階段，即其營養菌絲和各種無性孢子，而未見到有性生殖過程。一旦發現有性孢子，即歸入相應的亞門。其原因一是有性階段尚未發現；二是受某種環境條件的影響，幾乎不能或極少進行有性生殖；三是有性生殖階段已退化。因為只了解其生活史的一半，故統稱為半知菌或不完全菌。營養體大多是有隔的分枝菌絲，有些種類形成假菌絲。其繁殖方式主要有兩種：（1）生活史中僅有菌絲的生長和增殖，菌絲常形成菌核、菌索。不產生分生孢子。有的種類可形成厚垣孢子。腐生或寄生，是許多植物的病原菌，如立枯病菌。（2）絕大多數的半知菌都產生分生孢子：在半知菌的有隔菌絲體上形成分化程度不同的分生孢子梗，梗上形成分生孢子。分生孢子梗叢生或散生。叢生的分生孢子梗可形成束絲和分生孢子座。束絲是一束排列緊密的直立孢子梗，于頂端或側面產生分生孢子，如稻瘟病菌；分生孢子座由許多聚成墊狀的短梗組成，頂端產生分生孢子，如束梗孢屬。較高級的半知菌，在分生孢子產生時形成特化結構，由菌絲體形成盤狀或球狀的分生孢子盤或分生孢子器。分生孢子盤上有成排的短分生孢子梗，頂端產生分生孢子，如刺盤孢屬；分生孢子器有孔口，其內形成分生孢子梗，頂端產生分生孢子。分生孢子盤（器）生于基質的表面或埋于基質、子座內，外觀上呈黑色小點。
半知菌分類以應用方便為主，不以親緣關系為依據，一般根據孢子梗和孢子的形態及產生方式分類。許多已發現有性世代的半知菌，均已分別歸屬，如青霉菌屬、曲霉菌屬及赤霉菌屬已歸入子囊菌亞門，以下幾屬為仍屬于半知菌亞門的重要代表。
假絲酵母屬（Candida） 細胞圓形、卵形或長形，多邊芽殖形成假菌絲；有的具真菌絲，可形成厚垣孢子，不形成節孢子。無子囊孢子。本屬有的可用于生產酵母蛋白，供食用或飼料用，如產朊假絲酵母（C.wtilis），其蛋白質及維生素B的含量均高于啤酒酵母，熱帶假絲酵母可氧化烴類，以石油為原料可生產酵母蛋白，也可利用工業廢料。白色假絲酵母（C.albicans），醫學上稱白色念珠菌，可引起念珠菌病，為條件致病菌，常見于健康人的口腔及腸道中。
白僵菌屬（Beauveria） 常見的昆蟲寄生菌。寄主范圍很廣，主要侵染幼蟲，有的也見于成蟲。孢子在蟲體表萌發后穿過體壁進入蟲體，致使蟲體僵死，呈白色茸毛狀至粉末狀。分生孢子梗瓶狀，可多次分叉，孢子球狀或卵狀，在密集的孢子梗上成團，形成密實的孢子頭。可用于防治松毛蟲等農林害蟲，但也侵染家蠶，造成養蠶業的重大損失。我國著名的中藥僵蠶，即為白僵菌寄生致死的家蠶幼蟲。白僵菌產生的一種抗生素：卵孢霉素（Oosporin，C14H10O8）是一種抗真菌的抗生素，但對脊椎動物幼體有劇毒，對小麥、燕麥、豆科植物有明顯藥害。人接觸大量白僵菌孢子，能產生類似感冒的短期癥狀。
交鏈孢屬（Alternaria） 菌絲暗褐、灰黑色至黑色。分生孢子梗較短，單生或叢生，大多數不分枝，與營養菌絲幾乎無區別。分生孢子呈紡錘狀或倒棒狀，頂端延長或成喙狀，多細胞，有壁磚狀分隔，常數個成鏈，一般為褐色。尚未發現有性世代。是土壤、空氣、工業材料上常見的腐生菌，有的是栽培植物的寄生菌。某些種可用于甾族化合物轉化。