在法律框架內從事物流運輸業務，是物流運輸企業健康發展的前提。法律以保護當事人合法權益為首要目標，遵從法律才能最大限度地實現交易利益。在當今道德標準還不能為一切人所自覺遵守的環境下，借助法律的規范作用和強制力，以達到交易安全、增加收益、促進貨物流通的目的是十分必要的。
一、物流運輸合同的法律特征
簽訂履行運輸合同，首先要了解運輸合同的法律特征。在運輸實踐中，兩個人意思表示一致即可以訂立一份運輸合同。從確定合同的權利義務的角度分析，合同分為雙務合同和單務合同。雙務合同是雙方互負義務的合同。單務合同是一方當事人只盡義務，不享債權的合同。如果從當事人雙方取得權利有無代價的角度分析，合同又可以分為有償合同和無償合同。而運輸合同主要是雙務有償合同。在運輸合同中，一般有三方當事人。即（1）承運人：承運人是以運輸工具、設備提供運輸勞務活動的自然人；（2）托運人：托運人是將行李，貨物交由承運人運輸的人，即貨主；（3）收貨人：收貨人可以是托運人自己，也可以是托運人指定的收取貨物的第三人。
二、物流運輸合同當事人的權利與義務
物流運輸合同是提供勞務的合同，勞務是一種行為，因此，運輸合同的標的是行為。從事運輸活動主要以盈利為目的，因此運輸行為也可以說是一種交易行為。既然是交易，就要遵從一定的規則，這個規則就是法律規定。可以想像，沒有規則，為所欲為的活動必定會造成無序與混亂；沒有規則的交易也勢必帶來爭議和糾紛，且極容易導致訴訟。為了避免混亂和訴訟，達到如期運抵和運輸贏利的目的，簽訂、履行運輸合同的雙方，應當充分了解和依法、依約履行自己的權利與義務。
承運人的主要權利：
1.承運人的留置權。
《合同法》第三百一十五條規定，“托運人或者收貨人不支付運費，保管費及其他運輸費用的，承運人對相應的運輸物流享有留置權，但當事人另有約定的除外。”一旦承運人根據合同約定的內容，完成運輸義務而托運人或收貨人不支付運輸費用的，承運人可以留置該承運的貨物。留置物屬于擔保物權的一種，其功能在于以被留置物的交換價值來擔保債權的實現，留置權的本意是扣留被運輸的貨物并拒絕交還，來督促托運人或收貨人盡快清償運輸費用。根據我國《擔保法》的規定，運輸合同、保管合同、加工承攬合同的債權人享有留置權，當然如果貨物運輸合同雙方當事人對承運人能否行使留置權等問題另有約定的，雙方則遵守此約定。留置權的擔保范圍包括主債權的利息、違約金、損害賠償金、留置物的保管費用和實現留置權的費用。留置權人應當妥善保管留置物，否則要承擔民事責任。留置權人留置財產后，應當通知對方在兩個月內履行相關義務，兩個月后對方仍不履行義務，雙方可以協商，以留置物折價，也可以依法拍賣、變賣留置物。
2.承運人的提存權。
《合同法》第三百一十六條規定：“收貨人不明或者收貨人無正當理由拒絕受領貨物的，依照本法第一百零一條規定，承運人可以提存貨物。”在履行運輸合同過程中，收貨人拒收物流，或收貨人不見蹤影的事時有發生，造成債務履行受阻，嚴重影響承運人的經濟利益，也造成承運人的財產關系不穩定，法律創設的提存制度的目的正是為了使這一不穩定的財產關系得到穩定，提存的目的是使債務歸于消滅。提存的方式是承運人向接收貨物所在地的公證機關申請公證，由公證機關指定存貨場所，其效果是免除承運人因繼續占有貨物可能帶來的風險。提存與清償發生同等消滅債權的效力，債權人即托運人或收貨人對承運人給付貨物的債權因此而消滅。貨物在提存期間，其毀損滅失的風險由債權人承擔，提存的保管費用及其他費用亦由債權人負擔，而提存物的收益應為債權人享有。
3.收取承運費的權利。
承運人的主要義務：
1.承運人應當按時、按地、安全地完成運輸義務。
2.通知義務。《合同法》第三百零九條規定：“貨物運輸到達后，承運人知道收貨人的，應當及時通知收貨人，收貨人應當及時提貨。收貨人逾期提貨的，應當向承運人支付保管費等費用。”通知義務是基于誠實信用原則所產生的法定義務。
托運人的主要權利：
按照《合同法》第三百零八條規定，在承運人將貨物交付收貨人之前，托運人可以要求承運人中止運輸，返還貨物，變更到達地或者將貨物交給其他收貨人，但應當賠償承運人因此受到的損失。但收貨人變更或解除運輸合同須在貨物交付收貨人之前，托運人變更或解除運輸合同無須提出理由或征得承運人的同意。托運人因變更或撤銷運輸合同而賠償承運人的損失應當包括裝貨、卸貨和其他與此有關的費用。
托運人的主要義務：
1.如實申報貨物內容；
2.向承運人提交有關手續文件；
3.妥善包裝；
4.托運危險品的告知義務。托運人如托運易燃、易爆、有毒、有腐蝕性、有放射性的貨物，應將有關危險物品的名稱，性質和防范措施的書面材料提交承運人。托運人未盡此項義務，承運人則有權拒絕運輸，也有權采取相應措施以避免損失的發生，因此產生的費用由托運人承擔。
5.支付承運費用。
在實踐中，托運人與承運人因不能正確履行合同導致糾紛的情況常有發生。