物流工程是支撐物流活動的總體工程系統，可以分成總體的網絡工程系統和具體的技術工程系統兩大類。
第一，按照物流技術所支持的活動不同，具體的物流技術工程系統可以細分以下幾個主要的工程領域：
1、包裝工程
這個工程系統是運用各種材料、裝備、設施，以形成各種形態的包裝，進一步支撐物流。
包裝工程主要分成一般物流包裝工程和集裝工程兩大領域。支撐物流的包裝工程，主要是對被包裝物具有防護性和便于物流操作兩個功能。雖然也要結合考慮商品的促銷性和裝潢性，但那不是物流包裝工程的主要內容。
集裝工程是包裝工程向現代化發展的產物。很多研究者認為，集裝工程已經不再屬于包裝工程的一項內容，而是可以完全獨立形成體系。集裝工程包括托盤工程、集裝箱工程、集裝袋工程以及其它集裝工程，等等。
2、儲存工程
這個工程系統是運用倉庫和其它存儲設備、設施以使儲存這一項物流環節按物流的總體要求進行運作。
儲存工程系統是物流領域向現代化發展最強勁的系統之一。也是自動化的重點領域。高層立體貨架系統、自動化存取系統、無人搬運系統、計算機庫存管理系統等等是儲存工程系統的重要內容。
3、輸送工程
輸送工程包含了整個傳統交通運輸領域，并從現代物流角度，運用系統的物流技術，對傳統的交通運輸工程進行了大幅度的提升。除了一般的公路運輸工程、鐵路運輸工程、水運工程、航空運輸工程之外，現代物流系統的輸送工程，特別重視不同的傳統運輸方式綜合的、最優的組合，出現了"門到門"、"庫到庫"甚至"線到線"的高水平輸送方式。在一體化的物流系統范圍內，出現了跨越不同傳統運輸方式的"駝背運輸"、"滾裝運輸"、"多式聯運"等輸送方式和工程系統。
4、裝卸搬運工程
這個工程系統是運用各種裝卸搬運機具及設備，以實現物的運動方式轉變和場所內物的空間移動。
裝卸搬運工程經常是物流其他工程的分支或附屬，對于大量物流的系統而言，裝卸搬運工程有相當強的獨立性和很高的技術要求。例如港口的集裝箱裝卸工程、煤炭、礦石裝卸工程，大型倉庫、火車站的裝卸工程等等。
5、配送工程
這個工程系統是通過配送中心、配送裝備，實現物的最終送到用戶。
這個工程系統曾經是輸送工程的一個組成部分，是未端輸送工程。由于這個工程系統在管理方式、科學技術、裝備設施方面有別于干線輸送工程，同時，現代社會對服務水平的強調，又需要特別構筑直接面向用戶的這個工程系統，配送工程是最近特別引起物流界重視的工程系統。
配送工程的重要性還在于，它是直接和電子商務連成一體的物流工程系統，所以與新經濟的聯系更為密切。
配送工程也是保障新經濟體系的"零庫存生產方式"的一個系統，配送工程所依賴的科學技術，主要有配送裝備、網絡技術和系統規劃技術。
6、流通加工工程
這個工程系統是通過流通過程的加工活動，提高物的附加價值和物流操作的便利程度。
流通加工工程所依托的科學技術、機械裝備，源于各種產品的生產和應用領域，由于被流通物涉及面廣，這個工程系統非常復雜。
比較重要的流通加工工程有：冷鏈工程、生混凝土工程、鋼板剪板工程等等。
7、供應鏈工程
這個工程系統是通過供應鏈的構筑，建立新型的流通秩序。
供應鏈工程是當前發達國家特別致力于建設的工程系統，也受到了我國經濟界的重視。
供應鏈工程主要依托四項支持活動：完善網絡信息技術的、柔性的、精密的物流系統、供應鏈管理和買方市場的經濟體制。不同的供應鏈可能全部或部分包含上述各項物流工程系統，可見這個工程的復雜性及其難度。
第二，總體的物流網絡工程系統，以它所起的作用而言，實際上是支撐各種物流活動，支撐各種物流經營方式進行運作的平臺系統。這個平臺系統由兩部分構筑而成：
1、物流信息網絡工程
這個工程系統是通過大范圍的信息生成、收集、處理和傳遞，以支持物流系統的管理和經營，支持所有的物流活動。物流系統的主要特點是跨地區、大范圍、多結點，因此，只有在信息技術和網絡技術的支持下，才會解決物流系統的構筑問題，因此物流信息網絡工程是維持這么龐大而且復雜系統進行運轉的絕對不可缺乏的手段。
除了基本的管理信息系統，決策支持系統、庫存管理系統、條形碼系統之外，全球衛星定位系統、遠程數據交換系統、分銷配送系統等等信息工程技術，近年特別受到人們關注。
2、實物流網絡工程
資源配置最終的、具體的實現，必須要通過實物流網絡，實物流網絡是實現物流的重要生產力要素，它集中了物流系統的主要設備、設施以及技術、管理、勞動人員。這些生產力要素配置在由物流接點和物流線路所構筑成的實物流網絡上面，并以此覆蓋生產企業、供應商、用戶。
實物流網絡的構筑和運行是物流系統建設和運行的主要資本投入領域，也是對人力、物力、能源消耗最大的領域，因此，這是成本集中的領域。
實物流網絡工程是個復雜的系統工程，它的水平體現了綜合物流的水平。