根據《外國公司船舶運輸收人征稅辦法》(財稅字[1996]087)(以下簡稱《征稅辦法》)的規定，外國公司以船舶從中國港團運藏旅客、貨物或者郵件出境的，所取得的運輸收人、所得應在中由進行納稅。取得運輸收入的承運人為納稅人．包話實方派船的期租船，以外國公司為納稅人；承租船，以外國由東為納稅人；中國租用外國籍船舶再以期租方式轉租給外國公司的，以外國司為納稅人；外國公司期租的中國籍船舶，以外國公司為納稅人，其他外國籍船舷，以其船公司為納稅人。繳納的營業稅為收人總額的3％，企業所得稅為收入總額的1.65%。
為了進一步加強和完善外國司船舶運輸收入的稅收管理以及國際海運業對外支付管理，國家稅務總局、自家外匯管理局2001年12月4日發布了《關于加強外國公司船舶運輸收入稅收管理及國際海運業對外支付管理的通知》(國稅發[2001]139號)(以下簡稱《通知》。該通知自2002年5點1日起執行。
(通知)規定，負責向取得船舶運輸收入的外國公司直接或間接支付運費的單位或個人為外國公司應納稅款的扣繳義務人，包括外商獨資船務公司、國家船舶代理公司、國際貨運代理公司、以及其他對外支付國際海運運費的單位或個人。扣繳義務人在每次對外支付運費前，以對外支付運費總額為應納稅入總額，按照規定的稅串直接從納稅人的運費總額中代扣應納稅款。同時，扣繳義務人應分別向當地主管國家稅務局報送(代扣代繳外國公司船舶運輸收入所得稅報告表)，向地方稅務局報送(代扣代繳外國公司船舶運輸收入營業稅報告表)。
按照我國同其他田家締結的避免雙重征稅協定、互免海運企業國際運輸收入協定、海運協議以及英他有關協議或換文，外國公司可以享受減稅或免稅待遇的，須自行或委托其扣繳義務人分別向當地主管國家稅務局填報(外國公司船船運輸收入免征企業所得稅證明表)，向當地主管地方稅務局填報(外國公司船舶運輸收人免征營業稅證朗表)，并提供其他有關證明文件。末申增免稅或不能提供有關證明文件的，不得享受免稅待遇。外國公司不能及時提交免稅證明的，應先按規定交稅，待取得免稅證明后再辦理退稅。
扣繳義務人在國際貿易出口項下向外國公司支付運費時，應向外匯指定銀行提交完稅憑證或免稅證明。不能按要求提供完稅憑證或免稅證明的，不得對外付匯。根據《稅牧征收管理法》的規定，扣繳義務人應扣末扣、應收而不收稅款的，由稅務機關向納稅人追繳稅款，對扣繳義務人處應扣末扣、應收來收稅款50%以上三倍以下的罰款。
無船承運人稅收管理
根據《國際梅運條例》及有關規定，中國企業法人和境外國際船船運輸公司在中國境內從事無船承遠業務，應向交通部提出申請并提交有關申謂材料，取得《無船承運業務經營資格登記證》。《國家稅務總局關于從事國際海運無船承運業務使用發票有關問題的通知》(國稅函[2002]404號)規定，在中國境內注冊，并依法取得交通部(無船承運業務經營資格登記證)的企業，可以向稅務機關申謂辦理領購、使用《國際海運業運輸專用發票》事宜、領購、使用《國際海運業運輸專用發票》。
對于從事無船承運業務取得的收入是按營業稅交通運輸業稅目(稅率為3％)交稅還是按營業稅服務業錦目(稅率為5%)交稅的問題，一時成為人們爭論的焦點。
認為應按交通運輸業稅目交稅的人認為，從事無船承運業務的企業是以承運人身份接受托運人的貸載，簽發自己的提單或運輸證，向托運人收取運費，承擔承運人責任，從事的是運輸經營活動。因此，應按交通運輸業稅目交稅。
認為應按服務業稅目交稅的人認為，交通運輸業是指使用運輸工具或人力、畜力將貨物或旅客送達目的地，使其空間位置得到轉移的業務活動。雖然無船承運人在無船承運業務中擔當承運人的身份，但并沒有從事稅法規定的運輸經營活動。無船承運人在其經營活動中只不過是以自己的名義而不是以承運人的名義簽發提單。其取得的收入雖然稱為運費，但其實際所得仍然是提供運輸經營的組織活動所取得的服務費收入，不管這種牧入是代理性質的服務費收入還是其他性質的服務費收入。因此，無船承運業務仍然要按照服務業稅目征稅。
隨著貨運代理人規模的不斷增大、實力的不斷增強，其業務范圍也不斷擴展。有的貨運代理人除從事貸運代理業務之外，還從事運輸、倉儲等經營活動。這些經營活動雖然都征收營業稅，但屬于不同的營業稅稅目，稅率不同。根據稅法規定，納稅人兼有不同稅目應稅行為的，應當分別核算不同稅目的營業額；未分別核算營業額的，從高適用稅率。因此；貨運代理人應將各種經營活動取得的收入分別核算，避免因會計處理不當而造成多交稅款的結果。
另外，如果貨運代理人從事財產租貨、貨物運輸或倉儲保管或等經營活動，應注意繳納印花稅。租賃機動車輛、機械設備、船舶等的，應按財產租賃合同金額的千分之一繳納印花稅。從事貨物運輸的，應按貨物運輸合同金額的萬分之五繳納印花稅。從事倉儲、保管業務的，應按倉儲保管合同的干分之一繳納印花稅。對于不開立合同，只開立單據，或者合同不規范的，應按實際計算金額繳納印花稅。