加入WTO后，我國的醫藥商業企業為應對全球化競爭，逐步開始了規模化、集約化經營之路，并且通過資產重組、并購等方式，形成了一批規模化經營的醫藥商業企業，這在提高醫藥商業競爭力方面取得了一些的成績。這種新的經營模式最根本的目的就是降低成本，提高競爭力，參與全球醫藥市場競爭。而事實上，目前醫藥商業在新一輪重整后的成本并沒實實在在地降下來，還存在許多制約我國醫藥商業發展的因素：
首先，我國藥品流通領域的成本費用過高。我國的藥品流通利潤空間占了總價差份額的約45%，而醫藥商業的大部分價差利潤就變成銷售成本費用。有統計表明，中國的醫藥商業企業費用率奇高，其毛利率平均為12．69%，費用率平均為12%左右。
其次，目前我國醫藥商業企業虧損嚴重。醫藥商業全行業的銷售利潤率不到1%，全國30個省市有15個省出現總體性虧損。醫藥商業企業利潤空間占流通領域利潤空間的大部分，而商業虧損如此之大，我們不得不重新分析我國商業的運作模式是否合理。
再者，新形勢下的低水平重復建設現象抬頭。在集約化、規模化、連鎖經營的形式下，企業為了搶占市場，迅速在各地組織配送人力和運輸工具，爭相建立連鎖配送中心，出現了新一輪的低水平重復現象。
最后，醫藥商業企業的壞賬損失和應收賬款問題突出，嚴重減少醫藥商業的利潤，降低了資金利用率。
隨著醫藥商業的不斷發展，以上這些問題將會更加突出，而且還會有新的高成本問題出現，因此，研究如何降低醫藥商業企業的成本問題顯得十分必要和迫切。
一、降低醫藥商業企業成本是藥品規模化經營的需要。我國加入WTO后，為應對國外醫藥商業的競爭，規模化和醫藥連鎖經營已成趨勢，連鎖經營的方式勢必有藥品的大批量的流，因此，為提高醫藥商業的競爭力，有必要降低藥品流通領域的物流和資金流的成本。
二、降低醫藥商業企業成本是增加醫藥商業競爭力的需要。與國外的醫藥商業相比，我國的醫藥商業競爭力不強。根據WTO的相關協議要求，我國已向外資開放藥品分銷服務，我國的醫藥商業企業不得不面對全球醫藥市場的競爭。基于國內醫藥企業還不能在規模上迅速成長以提高競爭力的現實，在成本控制上積累足夠優勢就顯得尤其關鍵。價格是首先考慮的因素，而價格的下降必須依托成本的最低化，因此，有必要采取有效措施降低占去大部分利潤空間的流通領域的成本。
三、降低醫藥商業企業成本是遏制又一種低水平重復建設的需要。藥品的物流已經成為藥品銷售的重要組成部分，不少企業為搶奪市場，爭相建立自己的連鎖配送中心，卻沒有充分考慮其合理性和成本最低化，又一輪重復建設抬頭。因此，合理利用資源、降低流通成本勢在必行。
四、降低醫藥商業企業成本是降低藥品價格，更好滿足全社會對藥品需求的需要。藥品價格已經一降再降，政府還會逐步降低各類藥品價格，而藥品流通領域占了藥品利潤空間的大部分，更有必要盡快降低成本，以滿足醫療改革的需要。
醫藥商業企業的運作全過程包括兩個過程：
其一是藥品順利供應到消費者手中，其二是銷售資金的快速收回。前者稱為物流，后者可以稱為資金流，而這兩個程序的順利完成就得有暢通、高效、及時的信息流。藥品流通領域的成本和費用就是用于執行這兩個程序，這磨損掉我國藥品流通領域利潤空間的極大部分，另一方面它使得我國的醫藥商業企業虧損嚴重。
物流是基礎，資金流是目的，信息流是保障，此“三流”的高度協調統一是藥品流通領域降低成本，增強醫藥商業的競爭力的根本。
一、信息流
醫藥商業運作的順利進行必須有準確、及時、通暢的信息流，它是資金流和物流在醫藥商業企業完成的保證。在商業企業從采購業務到銷售部門將貨款收回的全過程中，銷售管理人員應當時時刻刻關注：哪種藥品急需采購，哪一批藥品正處于訂貨階段，哪一批藥品正在運輸途中，哪一批正在倉庫中；客戶是否簽收，藥品的銷售數量，已經收回貨款的量及比例，還有多少的貨款沒有收回等等情況。采用網絡信息化管理，通過聯結不同物理地銷售點、配送中心、倉庫等，保證信息的及時互流，首先使醫藥商業企業能監控整個訂單流動的各個狀態；然后通過Internet技術，把訂單狀態發到各個環節管理人員手中，使企業管理人員可以對每一項業務的狀況了如指掌，這樣就大大提升工作效率，減少由于信息不暢帶來的高價采購、庫存積壓、缺貨等等情況，以保證藥品能消耗最少的資源傳送到消費者手中，并盡快將貨款收回。信息流及時、通暢、準確，是醫藥商業企業運作井然有序，形成一個良性循環體系的基礎。
二、藥品物流
1954年，美國經濟學家鮑爾·康柏斯提出，物流是“市場營銷的另一半”。英國著名經濟學家克里斯多夫也認為：“真正的競爭不是企業與企業之間的競爭，而是供應鏈與供應鏈之間的競爭”。藥品的物流是藥品流通全過程的一個程序。我國的藥品物流系統還處在起步階段，物流運作管理還不成熟，有待轉變運作方式，不斷完善。目前我國的醫藥商業企業不得不經歷從功能管理向過程管理的轉變。傳統的醫藥商業流通將采購、存儲、分裝，銷售、配送等功能活動分割開來、獨立運作，而這些功能都具有各自獨立的目標和計劃，它們可能會發生沖突，增加內耗，提高成本。所以，想要藥品的銷售全過程的協調一致、低成本運作，就要對商業企業運作各個環節采用過程管理。
所謂過程管理就是從藥品的采購到儲存、養護、運輸的各個環節的每一道工序采用標準操作規程（SOP）管理，協調一致、統一行動，嚴格控制費用，降低成本。基于藥品流通的特殊性，藥品的物流更要注重每個環節的管理，在藥品流通的每一道工序中由專業人士根據實際情況，充分利用信息和網絡技術，運用現代化組織和管理方式將運輸、倉儲、裝卸、分裝、配送、信息等環節進行整合，進行一體化經營。制定標準操作規程，指定專人負責完成并記錄，由第三人核對記錄。其目的就在于保證藥品安全有效的同時保證花費最少的時間和資金完成既定的任務。
三、資金流
醫藥商業企業的另一個運作程序就是將貨款盡快收回。商業企業的銷售貨款未能及時收回則形成應收賬款，導致資金周轉率下降，實際上這將導致企業的損失。
依據應收賬款的資金損失量化公式：(1)A1=S*Mr-S*I*△T-C*△T-D
A1-銷售利潤、S-銷售量、I-銀行利率、△T-遲延時間、C-回款費用、D-壞帳損失。隨著收款的時間的遲延銷售利潤率將會不斷減少，直到虧損。更有甚者，如果時間超過信用期，可能導致壞帳損失，導致直接損失。
根據折扣方式現金銷售公式：(2)A2=S*Mr-S*P-C
A2-銷售利潤、P-折扣率、其它符號含義與(1)式同。
隨著折扣率的提高，銷售利潤不斷下降。因此在二種渠道之間，首先考慮Ａ值大于零，保證藥品銷售有利潤，其次，比較Ａ1和Ａ2的大小，選擇可以獲得較大利潤途徑回款。這是醫藥企業重視，但是往往很難解決的問題，現在的醫藥行業是買方市場，銷售方要求回款一般處于被動的處境。因此，如何迅速收回銷售資金是一個值得思考的問題。可以采用的渠道，其一是與客戶簽訂合同以明確回款日期，不至于到最后成為壞帳，避免壞帳損失，其二可以研究如何在折扣上適當下調，以換取買方的及時回款。