進口商品檢驗
凡列入《商檢機構實施檢驗的進出口商品種類表》的進出口商品和其他法律、法規規定須經檢驗的進出口商品，必須經過出入境檢驗檢疫部門或其指定的檢驗機構檢驗。法律法規規定須經檢驗檢疫機構檢驗的進口商品的收貨人，必須向卸貨口岸或到達站的檢驗檢疫機構辦理進口商品登記；法律法規規定須經檢驗檢疫機構檢驗的出口商品的發貨人，應在規定地點和期限向檢驗檢驗機構報驗。規定進口商品應檢驗未檢驗的，不準銷售、使用；出口商品未經檢驗合格的，不準出口。進出口商品檢驗包括品質檢驗、安全衛生、數量鑒定、重量鑒定等。
進口商品安全質量許可
國家對涉及安全、衛生和環保要求的重要進口商品實施進口商品安全質量許可制度并公布《實施進口商品安全質量許可制度目錄》。列入目錄的商品須獲得國家出入境檢驗檢疫局簽發的進口商品安全質量許可證書并被批準在商品上使用《安全標志》后，方能進入中國。檢驗檢疫部門現已實施安全質量許可制度的進口商品共47類191種。
進口廢物原料裝運前檢驗
對國家允許作為原料進口的廢物，實施裝運前檢驗制度，防止境外有害廢物向我國轉運。收貨人與發貨人簽訂的廢物原料進口貿易合同中，必須訂明所進口的廢物原料須符合中國環境保護控制標準的要求，并約定由出入境檢驗檢疫機構或國家局認可的檢驗機構實施裝運前檢驗，檢驗合格后方可裝運。列入此制度目錄內的商品有廢紙、廢金屬、廢塑料、廢木制品、廢紡織品等5類。
出口商品質量許可
國家對重要出口商品實行質量許可制度。出入境檢驗檢疫部門單獨或會同有關主管部門共同負責發放出口商品質量許可證的工作，未獲得質量許可證書的商品不準出口。檢驗檢疫部門已對機械、電子、輕工、機電、玩具、醫療器械、煤炭等76類商品實施出口產品質量許可制度。國內生產企業或其代理人均可向當地出入境檢驗檢疫機構申請質量許可證書。
動植物檢疫
檢驗檢疫部門依法實施動植物檢疫的有：進境、出境、過境的動植物、動植物產品和其他檢疫物；裝載動植物、動植物產品和其他檢疫物的容器、包裝物、鋪墊材料；來自疫區的運輸工具；進境拆解的廢舊船舶；有關法律、行政法規、國際條約規定或者貿易合同約定應當實施檢疫的其他貨物、物品。
國家禁止下列各物進境：動植物病原體（包括菌種、毒種等）、害蟲及其他有害生物；動植物疫情流行的國家和地區的有關動植物、動植物產品和其他檢疫物；動物尸體；土壤。
對進境動物、動物產品、植物種子、種苗及其他繁殖材料實行進境檢疫許可制度，必須事先提出申請，并在對外簽訂貿易合同或者協議之前辦妥檢疫審批手續。貨物到達口岸后，應立即向當地檢驗檢疫機構報檢。經檢疫合格的，予以放行，檢疫不合格或需進一步檢疫監管的貨物，依據有關規定做出相應的檢疫和監管處理。
對出境動植物、動植物產品或其他檢疫物，檢驗檢疫機構對其生產、加工、存放過程實施檢疫監管。出境前，申請人向口岸檢驗檢疫機構報檢。經檢疫合格的，出證放行；檢疫不合格的，不準出境。
運輸動植物、動植物產品和其他檢疫物過境（含轉動的），應向檢驗檢疫機構報檢；要求運輸動物過境的，必須事先申辦《動物過境許可證》。攜帶、郵寄動植物、動植物產品和其他檢疫物進境時，屬于國家公布的《禁止攜帶郵寄進境的動植物、動植物產品和其他檢疫物名錄》（簡?quot;名錄"）的，作退回或銷毀處理；屬于"名錄"之外的，由口岸檢驗檢疫機構實施檢疫。
對來自疫區的運輸工具，口岸檢驗檢疫機構實施現場檢疫。裝載動物出境的運輸工具，裝載前應在口岸檢驗檢疫機構監督下消毒處理。裝載動植物、動植物產品和其他檢疫物的，應符合國家有關動植物防疫和檢疫的規定。對裝運供應香港、澳門地區的動物的回空車輛，實施整車防疫消毒。
食品衛生監督檢驗
進口食品（包括飲料、酒類、糖類）、食品添加劑、食品容器、包裝材料、食品用工具及設備必須符合我國有關法律法規規定。申請人須向檢驗檢疫機構申報并接受衛生監督檢驗。檢驗檢疫機構對進口食品按食品危險性等級分類進行管理。依照國家衛生標準進行監督檢驗，檢驗合格的，方準進口。
一切出口食品（包括各種供人食用、飲用的成品和原料以及按照傳統習慣加入藥物的食品）必須經過檢驗，未經檢驗或檢驗不合格的不準出口。凡在中國境內從事出口食品加工、禽畜屠宰及貯存的企業都必須首先取得所在地衛生行政部門頒發的衛生許可證，然后向檢驗檢疫機構申請注冊、登記。經檢驗檢疫機構審查合格的，分別核發注冊證書或登記證。未取得注冊證書或登記證的，一律不得加工、生產或貯存出口食品；對需要向國外申請注冊、認可的，須取得有關進口國批準或認可的，也不得向該國出口食品。
出口商品運輸包裝檢驗
對列入《商檢機構實施檢驗的進出口商品種類表》和其他法律、法規規定必須經檢驗檢疫機構檢驗的出口商品的運輸包裝，必須申請檢驗檢疫機構或檢驗檢疫機構指定的檢驗機構進行性能檢驗，未經檢驗或檢驗不合格的，不準用于盛裝出口商品。對出口危險貨物包裝容器衽危包出口質量許可制度，生產單位須向檢驗檢疫機構登記，申請辦理出口質量許可證。危險貨物包裝容器須經檢驗檢疫機構進行性能鑒定和使用鑒定后，方能生產和使用。
衛生檢疫與處理
出入境檢驗檢疫部門統一負責對出入境的人員、交通工具、集裝箱、行李、貨物、郵包等實施醫學檢查和衛生檢查。入境的交通工具和人員，須在最先到達的國境口岸接受檢疫；出境的，須在最后離開的國境口岸接受檢疫。檢驗檢疫機構對未染有檢疫傳染病或者已實施衛生處理的交通工具，簽發入境或者出境檢疫證。
檢驗檢疫機構對入境、出境人員實施傳染病監測，有權要求出入境人員填寫健康申明卡、出示預防接種證書、健康證書或其他有關證件。對患有鼠疫、霍亂、黃熱病的出入境人員，應實施隔離留驗。對患有艾滋病、性病、麻風病、精神病、開放性肺結核的外國人應阻止入境。對患有監測傳染病的出入境人員，視情況分別采取留驗、發給就診方便卡等措施。
檢驗檢疫機構負責對國境口岸和停留在國境口岸的出入境交通工具的衛生狀況實施衛生監督。包括：監督和指導對嚙齒動物、病媒昆蟲的防除；檢查和檢驗食品、飲用水及其儲存、供應、運輸設施；都督從事食品、飲用水供應的從業人員的健康狀況；監督和檢查垃圾、廢物、污水、糞便、壓艙水的處理。可對衛生狀況不良和可能引起傳染病傳播的因素采取必要措施。
檢驗檢疫機構負責對發現的患有檢疫傳染病、監測傳染病、疑似檢疫傳染病的入境人員實施隔離、留驗和就地診驗等醫學措施，對來自疫區、被傳染病污染、發現傳染病媒介的出入境交通工具、集裝箱、行李、貨物、郵包等物品進行消毒、除鼠、除蟲等衛生處理。
外商投資財產鑒定
各地檢驗檢疫機構憑財產關系人或代理人及經濟利益有關各方的申請或司法、仲裁、驗資等機構的指定或委托，辦理外商投資財產鑒定包括價值鑒定，損失鑒定，品種、質量、數量鑒定等。
貨物裝載和殘損鑒定
用船舶或集裝箱裝運糧油食品、冷凍品等易腐食品出口的，應向口岸檢驗檢疫機構申請檢驗船舶和集裝箱，經檢驗符合裝運技術條件并發給證書后，方準裝運。
對外貿易關系人及仲裁、司法等機構，對海運進口商品可向檢驗檢疫機構申請辦理檢視、載損鑒定、監視卸載、海損鑒定、驗殘等殘損鑒定工作。
實驗室認可
經國家出入境檢驗檢疫局授權的中國國家進出口商品檢驗實驗室認可委員會（CCIBLAC）統一負責實驗室的認可工作。提出申請的實驗室經評審組評審證明符合認可委員會規定的認可條件，即可在進出口商品檢驗領域內獲得認可委員會的認可。經認可或注冊的實驗室有資格承擔國家出入境檢驗檢疫局指定的檢驗檢疫工作并出具檢驗報告。
一般原產地證與普惠制產地證簽證管理
出入境檢驗檢疫機構是簽發一般原產地證的官方機構，同時也是我國政府授權簽發普惠制產地證的唯一機構。我國出口受惠商品出口到下述28個給惠國時，可以享受減免進口關稅的優惠待遇：法國、英國、愛爾蘭、德國、丹麥、意大利、比利時、荷蘭、盧森堡、希臘、西班牙、葡萄牙、奧地利、瑞典、芬蘭、瑞士、挪威、日本、加拿大、澳大利亞、新西蘭、俄羅斯、白俄羅斯、烏克蘭、哈薩克斯坦、捷克、斯洛伐克、波蘭。出口單位可向各地出入境檢驗檢疫機構申請辦理普惠制產地證和一般原產地證。
質量體系認證認可
國家出入境檢驗檢疫局負責管理和組織實施全國與進出口有關的質量認證認可工作。國家出入境檢驗檢疫局授權成立的中國國家進出口企業認證機構認可委員會（CNAB），負責從事中國進出口領域認證機構認可工作和相應的認證評審員注冊工作。提出申請的認證機構經評審證明符合認可委員會規定的認可條件，即可在進出口質量體系認證領域獲得認可委員會的認可。
與外國和國際組織開展合作
檢驗檢疫部門承擔WTO/TBT協議和SPS協議咨詢點業務；承擔UN、APEC、ASEM等國際組織在標準與一致化和檢驗檢疫領域的聯絡點工作；負責對外簽訂政府部門間的檢驗檢疫合作協議、認證認可合作協議、檢驗檢疫協議執行議定書等，并組織實施。
涉外檢驗檢疫、鑒定、認證機構審核認可和監督
對于擬設立的中外合資、合作進出口商品檢驗、鑒定、認證公司，由國家出入境檢驗檢疫局負責對其資格信譽、技術力量、裝備設施及業務范圍進行審查。合格后出具《外商投資檢驗公司資格審定意見書》，然后交由外經貿部批準。在工商行政管理部門辦理登記手續領取營業執照后，再到國家出入境檢驗檢疫局辦理《外商投資檢驗公司資格證書》，方可開展經營活動。
對于從事進出口商品檢驗、鑒定、認證業務的中外合資、合作機構、公司及中資企業，對其經營活動實行統一監督管理。對于境內外檢驗鑒定認證公司設在各地的辦事處，實行備案管理。