菜籽餅粕含蛋白質35%～40%，各種氨基酸含量豐富而比例較適當，其品質接近大豆餅粕的水平，但由于菜籽餅粕含有許多與蛋白質組分有關的抗營養物質和有毒成分，使飼用價值降低，應用受到限制，造成資源的嚴重浪費。
菜籽餅粕中的抗營養成分和有毒物質，有三個最重要的因素，一是硫葡萄糖甙及其衍生物，二是植酸，三是單寧。據測定，不同地區及不同品種的菜籽餅粕的含毒量各異，硫葡萄糖甙為5.6%～9.7%，植酸含量為4.4%～5.6%，單寧含量約為1.5%～3.5%。
硫葡萄糖甙本身無毒，只是其水解產物才具有毒性，其降解產物主要有異硫氰酸酯、惡唑烷硫酮、硫腈酸酯和腈四類。異硫氰酸酯有辛辣味，嚴重影響菜籽餅粕的適口性，。高濃度的異硫氰酸酯對粘膜有強烈的刺激作用，長期或大量飼喂菜籽餅粕時可引起胃腸炎、腎炎及支氣管炎，甚至肺水腫。異硫氰酸酯中的硫氰離子是與碘離子的形狀和大小相似的單價陰離子，在血液中含量多時，可與碘離子競爭，而濃集到甲狀腺中去，抑制了甲狀腺濾泡細胞濃集碘的能力，從而導致甲狀腺腫大，并使動物生長速度降低；硫氰酸酯的硫氰離子也可引起甲狀腺腫大，其作用機制與異硫氰酸酯相同；惡唑烷硫酮的主要毒害作用是阻礙甲狀腺素的合成，引起腺垂體促甲狀腺素的分泌增加，導致甲狀腺腫大，故被稱為甲狀腺腫因子或致甲狀腺腫素。同時，還可使動物生長緩慢，一般來說，鴨對惡唑烷硫酮比雞敏感，雞比豬敏感；硫葡萄糖甙在較低的溫度及酸性條件會有大量的腈形成，腈對機體的毒性比異硫氰酸酯和惡唑烷硫酮大得多，腈可引起細胞內窒息，但癥狀發展較慢。抑制動物生長，使肝和腎腫大，單胃動物的胃環境很有利于腈的生成。
植酸具有很大的螯合能力，其螯合能力與螯合劑乙二胺四乙酸近似，植酸在消化道中能結合二價和三價金屬離子如鈣、鋅、鎂、銅、錳、鈷和鐵等，形成不溶性螯合物。在pH=7.4的條件下，植酸和金屬離子結合的能力：Cu2+>Zn2+>CO2+>Mn2+>Fe3+>Ca2+。這些螯合物即使在弱酸(pH=3-4)條件下，也極難溶解，不易被消化道吸收。因此，飼料中植酸的含量過高時，可使鈣、鋅等元素的利用率大為降低。特別是鋅，在小腸上端pH條件下，鋅形成極難溶解的植酸鹽。據報道，高含量的植酸可使單胃動物對鈣的吸收降低達35%。尤其是幼畜，植酸過多對鈣的吸收的抑制作用表現得更為明顯，并可導致佝僂病。
單寧通常存在于菜籽外殼中，主要是縮合單寧，單寧具有澀味，適口性差，首先影響動物的食欲，降低采食量。在消化道中單寧可與飼糧中的蛋白質結合，生成不溶性化合物，也可與多種金屬離子如鈣、鐵及鋅等發生沉淀作用，從而降低它們的利用率。單寧還可和消化酶結合，影響酶的活性和功能，不利于營養物質的消化吸收。
中國飼料衛生標準中規定：菜籽餅粕中異硫氰酸酯的允許量為≤4000毫克／千克；雞配合飼料≤500毫克／千克；生長肥育豬配、混合飼料≤500毫克／千克。惡唑烷硫酮的允許量：肉用仔雞、生長雞配合飼料≤1000毫克／千克：產蛋雞配合飼料≤500毫克／千克。
菜籽餅粕的去毒處理方法，國內外研究甚多，但至今仍未徹底解決。
（一）水浸法 硫葡萄甙具有水溶性，用水浸法去毒簡便易行，將菜籽餅粕（餅粕與水的比例為1：6）用水浸泡數小時，再換水1～2次，也可用溫水浸泡數小時，清水浸泡24小時，將水濾去。本法的缺點是水溶性營養物質損失較多。
（二）醇類水溶液處理法 醇類(多用乙醇和異丙醇)水溶液可提取出餅粕中的硫葡萄糖甙和多酚化合物，還能抑制餅粕中酶的活性。此法的缺點是耗用溶劑較多，餅粕中醇溶性物質(如醇溶性蛋白質)損失較多。
（三）熱處理法 可用干熱、濕熱、壓熱處理菜籽餅粕，在高溫下可使硫葡萄糖甙酶失活，有的用50℃熱水浸泡8～12小時，中間換水兩次，然后濾去廢水，加水煮沸1小時，邊煮邊攪拌；或將粉碎餅粕蒸30分鐘也可。此法的缺點是使餅粕中蛋白質利用率下降。且由于硫葡萄糖甙仍留在餅粕中，飼喂后可能被動物腸內某些細菌的酶分解而產生毒性。
(四)坑埋法 將菜籽餅粕用水拌和后封埋于土坑中30～60天，可去除大部分毒物，此法簡單，成本低，但應用受地區限制，一般在水位低、氣候干燥的地區比較適宜。
(五)化學物質處理法 可采用堿、氨、硫酸亞鐵等進行處理，堿處理法可破壞硫萄萄糖甙和絕大部分的芥子堿。通常采用NaOH、Ca(OH)2和Na2CO3三種，其中以Na2CO3的去毒效果最好。氨處理法多同時進行加熱，氨可與硫葡萄糖甙反應，生成無毒的硫脲。硫酸亞鐵處理法的作用在于，鐵離子可與硫葡萄糖甙及其降解產物分別形成螯合物，從而使它們失去毒性。上述化合物可加在餅粕中進行處理，也可在制油工藝各階段中加入進行處理。
(六)微生物降解法 近年來國外的研究表明，某些細菌和真菌(霉菌、酵母)可被用來去除硫葡萄糖甙及其降解產物。國內近年來對菜籽餅粕發酵去毒法的研究也有較大進展，提出了一些方法，但大多尚處于試驗階段，有待進一步完善。
上述各種去毒方法均有一定的效果，但多存在影響餅粕的營養價值或成本較高、設備尚難普及等弊端。故應根據具體情況和條件合理地加以選擇。