反相色譜柱：使用新的C18柱時，先用甲醇或乙腈沖洗20-30個柱體積，然后用甲醇/乙腈：水（50:50）沖洗10個柱體積，然后再用流動相平衡10-30柱體積。

正相色譜柱：新柱用流動相平衡20-30個柱體積。

離子色譜柱（SAX, SCX）：新柱先用100%甲醇或乙腈沖洗20個柱體積，然后轉換到流動相平衡。

部分品牌的氨基柱和氰基柱是保存在正相流動相中，用于反相色譜時，先用異丙醇或乙醇沖洗色譜柱50-100個柱體積。

當用HILIC模式時，新柱用50倍柱體積50/50乙腈/水活化平衡，然后再用流動相平衡20個柱體積。

反相柱：100%甲醇或乙腈保存。

正相柱：異丙醇或正己烷保存。

離子交換柱：100%甲醇，或大于40%的有機相保存。

切忌用緩沖鹽保存色譜柱。

反相C18色譜柱

清洗：ÿ天柱子使用完后，立刻沖洗，如果使用緩沖液，必須先用相同比例的有機相/水沖洗20個柱體積，然后再轉換到100%有機相沖洗20個柱體積。

再生：用100%水，甲醇，三氯甲烷，甲醇，100%水分別沖洗20個柱體積，在第一次用100%水時，進樣5次200 μL二氯亞砜DMSO。

正相色譜柱

清洗：ÿ次清洗都用低流速起步，當檢測到柱壓穩定在一定水平后再增加流速。先用10柱體積不含其它添加劑的流動相中的弱溶劑，如正己烷、氯仿等反沖色譜柱。再用20柱體積的諸如二氯甲烷或異丙醇等流動相中的強溶劑反沖色譜柱。

再生：用四氫呋喃，甲醇，四氫呋喃，二氯甲烷，正己烷分別沖洗20個柱體積。

離子色譜柱

清洗：用100%水沖洗30個柱體積去除鹽，然后用100%甲醇或乙腈沖洗20個柱體積后保存在50%甲醇或乙腈中。

再生：先用高濃度鹽的緩沖液清洗（濃度可以是5-10倍，不超過1M），然后再用100%水洗，100%乙腈或甲醇清洗，再用50%乙腈或甲醇保存。

• 使用預柱保護分析柱（硅膠在極性流動相/離子性流動相中有一定的溶解度）

• 注意色譜的pH范Χ，大多數反相色譜柱的pH穩定范Χ是2-8

• 避免流動相組成及極性的劇烈變化

• 使用HPLC級試劑，流動相使用前必須經脫氣和過濾處理

• 如果使用極性或離子性的緩沖溶液作流動相，應在實驗完畢將柱子沖洗干凈并保存在乙腈中

• 壓力升高是需要更換預柱的信號

• 確認流動相中緩沖鹽的溶解性

• 確認樣品在流動相中的溶解性

• 避免壓力的突變